因为淋巴细胞导致的结肠炎和普通的结肠炎是完全不同的，比如症状不一样，另外治疗措施也不同，患者需要调整饮食结构，在此基础上可以选择西药来进行治疗。
一、淋巴细胞性结肠炎主要通过病理检查明确，因此需要做结肠镜检查，排除各种炎症性肠病。结肠炎的治疗方面主要是应用敏感有效的抗生素，肠道益生菌和中成药。注意饮食调理，食材新鲜清洁。
二、西药：
西药有柳氮磺吡啶、糖皮质激素、免疫抑制剂。近年研制成的5-ASA特殊制剂巴柳氮，用偶氮键结合5-ASA制成的巴柳氮，在结肠内分解释放大量有效成份从而起到哪病治哪提高疗效，减少副作用，缺点是价格昂贵。奥瑞欣-巴柳氮钠，给患有结肠炎、结肠溃疡、局限性肠炎的患者更新更多的选择。
(1)柳氮磺胺吡碇（SASP）：
本药在肠道内分解为5-氨基水杨酸（5-ASA）与碘胺吡碇，前者是主要有效成分，能抑制黄嘌呤氧化酶或白细胞介导的氧自由基形成，能消除炎症。
(2)甲硝唑：
主要用于各种厌氧菌感染、阿米巴病及丝虫病等。
口服，成人每次0.4克，每日3-4次，用15日为1疗程。静滴：成人每次0.5-1.0克，分2次
(3)激素类（具体药物有：氢化可的松、强的松、地塞米松等）：
此类药物可减少白三烯B4的释出，抑制其中性粒细胞的趋化作用，防止氧自由基的形成。
(4)硫唑嘌呤
此类药物在体内产生硫嘌呤而发挥免疫抑制作用，抑制蛋白质的合成和淋巴细胞的增殖，对T淋巴细胞的抑制作用较强。
(5)奥瑞欣——巴柳氮钠胶囊成功应用英国AstraSalix原装高分子膜包裹技术，形成5-ASA微粒制剂。向释放药物在炎症部位，百分之百发挥药效无损耗，减少对身体的不良反应。不溶于胃酸，保持有效活性进入结肠是唯一有效抑制结肠炎及溃疡致病因子的药品（花生四烯酸的代谢产物）起到强大的抗炎作用，消除炎症根源。能够消除氧自由基的药品，改善肠道功能，恢复炎症溃疡面，与杀菌作用合二为一，消炎修复双管齐下。
三、饮食调节
1．少纤维、低脂肪食物有促进肠蠕动、刺激肠壁的作用，但不易消化，对肠道不利，故应限制。多油及脂肪类食物，除不易消化外，其滑肠作用又可使腹泻加重，所以油炸、烹调、油煎及肥肉类和食用油应控制用量。
2．注意补充蛋白质及维生素。在日常饮食中应选用一些易消化的优质蛋白质食品，如鱼、蛋、豆制品及富含维生素的新鲜嫩叶菜等。最好食用菜汁，以减少纤维的摄入，因为慢性肠炎病人的消化吸收功能差，应采用易消化的半流少渣饮食、少量多餐的方法，以增加营养，改善症状。慢性结肠炎急性发作时，应食粥类、精米面类、鱼虾、蛋及豆制品和易消化的食物，以使肠道得以休息。
3．慢性肠炎如有脱水低钠现象时，应及时补充淡盐水，食用菜叶汤以补充水、盐和维生素的丢失。
4．排气、腹泻过强时，应少食糖及易产生发酵的食物：如薯类、豆类、牛奶等。
5．柿子、石榴、苹果都含有鞣酸及果胶成分，均有收敛止泻作用，慢性结肠炎可适量食用。
6．慢性肠炎病人多是身体虚弱、抵抗力差，尤其胃肠道易并发感染，因而更应注意饮食卫生，不吃生冷、坚硬及变质的食物，禁酒及辛辣刺激性强的调味品。
7．慢性结肠炎病人还应密切观察自己对各种食品的适应性，注意个体差异。一些本不应对肠道造成影响的食品，如鸡蛋、牛奶等，但食后腹泻加重，过敏源一时也分辨不清，因此发现问题，要找出原因，摸索规律，尽量不要食用。