无论男性还是女性，尿路感染都是很容易出现的泌尿系统疾病，男性和女性出现这种疾病的原因不一样，再加上男性和女性的泌尿系统结构不同，所以治疗方法也不一样。
1.女性非妊娠期尿路感染
（1）急性单纯性膀胱炎治疗建议采用三日疗法治疗，即口服复方磺胺甲基异恶唑；或氧氟沙星；或左氧氟沙星。由于单剂量疗法的疗效不如三日疗法好，目前，不再推荐使用。对于致病菌对磺胺甲基异恶唑耐药率高达10%～20%的地区，可采用呋喃妥因治疗。
（2）急性单纯性肾盂肾炎治疗建议使用抗生素治疗14天，对于轻症急性肾盂肾炎患者使用高效抗生素疗程可缩短至7天。对于轻症状病例，可采用口服喹诺酮类药物治疗，如果致病菌对复方磺胺甲基异恶唑敏感，也可口服此药物治疗。如果致病菌是革兰阳性菌，可以单用阿莫西林或阿莫西林/克拉维酸钾治疗。对于重症病例或不能口服药物者，应该住院治疗，静脉使用喹诺酮类药物或广谱的头孢类抗生素治疗，对于β内酰胺类抗生素和喹诺酮类抗生素耐药者，可选用氨曲南治疗；如果致病菌是革兰阳性球菌，可使用氨苄西林/舒巴坦钠，必要时可联合用药治疗。若病情好转，可参考尿培养结果选用敏感的抗生素口服治疗。在用药期间的方案调整和随访很重要，应每1～2周作尿培养，以观察尿菌是否阴转。在疗程结束时及停药后第2、6周应分别作尿细菌定量培养，以后最好能每月复查1次。
（3）复杂性尿路感染复杂性尿路感染的治疗方案取决于疾病的严重程度。除了抗菌药物治疗外，还需同时处理泌尿系统解剖功能异常以及治疗合并的其他潜在性疾病，若有必要还需营养支持治疗。如果病情严重，通常需要住院治疗。首先应该及时有效控制糖尿病、尿路梗塞等基础疾病，必要时需要与内分泌科等相关专业医生共同治疗，否则，单纯使用抗生素治疗很难治愈本病。其次，根据经验静脉使用广谱抗生素治疗。在用药期间，应该及时根据病情变化和/或细菌药物敏感试验结果调整治疗方案，部分患者尚需要联合用药，疗程至少为10～14天。
2.男性膀胱炎
所有男性膀胱炎患者均应该除外前列腺炎。对于非复杂性急性膀胱炎可口服复方磺胺甲基异恶唑或喹诺酮类药物治疗，剂量同女性患者，但疗程需要7天；而对于复杂性急性膀胱炎患者可口服环丙沙星，或左氧氟沙星，连续治疗7～14天。
3.妊娠期尿路感染
（1）无症状菌尿妊娠期间无症状菌尿发生率高达4%～7%，常发生于妊娠的第一个月，其中多达40%病例可进展为急性肾盂肾炎，因此建议在妊娠早期应该常规对孕妇进行尿培养检查，以便及时发现无症状菌尿患者。目前建议对于这类患者应该采取抗感染治疗。推荐根据药敏试验结果给予3-5天抗菌药物治疗。可选用一下列方案中的一种：①呋喃妥因；②阿莫西林；③阿莫西林/克拉维酸钾。请患者于停药后1周时来医院复查尿培养，以后每月复查一次，直到妊娠结束。对于反复出现无症状菌尿者，可以在妊娠期间采取抗生素预防措施，于每晚睡前服用呋喃妥因或头孢氨苄。
（2）急性膀胱炎推荐根据尿培养和药敏试验结果给予3～5天抗菌药物治疗，如果来不及等待药敏试验结果可给予呋喃妥因、或阿莫西林、或第二第三代头孢菌素治疗。治疗后需再行尿培养检查了解治疗效果。若反复发作急性膀胱炎推荐每日睡前口服头孢呋辛或呋喃妥因直至产褥期，以预防复发。
（3）急性肾盂肾炎妊娠期急性肾盂肾炎发生率1%～4%，多发生于妊娠后期。推荐首先根据尿培养或血培养及药敏试验结果给予抗菌药物静脉输液治疗，如来不及等待药敏试验结果，可选择头孢曲松，或氨曲南，或哌拉西林+他唑巴坦，或头孢吡肟，或氨苄西林治疗。临床症状明显改善后，可改为口服抗生素治疗。总疗程至少14天。
4.无症状菌尿
对于绝经前非妊娠妇女、糖尿病患者、老年人、脊髓损伤及留置导尿管的无症状菌尿的患者不推荐抗菌药物治疗。然而，对于经尿道行前列腺手术或其他可能导致尿路黏膜出血的泌尿外科手术或检查的无症状性细菌尿患者，应该根据细菌培养结果采取敏感抗生素治疗。