长期吃甲亢药的副作用，甲状腺功能亢进症的症状是由于甲状腺分泌过多，使许多人的功能处于兴奋状态。因此，会出现体重减轻和出汗等症状。如果吃药，要注意损害肝肾功能，因为大部分化学物质都是由肝肾功能代谢的。如果它是一种激素类药物，它可能会导致内分泌失调，因为外来激素会导致体内激素分泌减少。
并发症
1.甲亢合并妊娠
甲亢多发生在育龄的女性，所以临床上经常遇到一些甲亢合并妊娠的患者，由于抗甲状腺药物对胎儿有致畸作用，所以需要和医生根据病情共同讨论，决定胎儿的留或舍。妊娠甲亢患者是放射碘治疗的禁忌证，需要继续妊娠的甲亢患者多数采用药物治疗，尽量采用最小有效剂量，治疗中尽量不要同时加用甲状腺激素，每1～3个月需要测定游离T4（FT4）、游离T3（FT3）和TSH，而不是总T4和总T3。治疗中需要将游离T4维持在正常值的上限。
2.甲状腺相关性眼病
甲亢多数是Gravs病，是一种属于器官自身免疫病，器官自身免疫病常常会合并其他器官自身免疫病，甲亢患者常常合并突眼，突眼是眼眶（包括眼外肌和眼球后脂肪）的器官自身免疫病。临床上除了Graves病患者可以表现突眼，其他一些甲状腺自身免疫病，如慢性淋巴细胞性甲状腺炎也可表现突眼，所以我们称其为“甲状腺相关性眼病”。甲状腺相关性眼病和Graves病之间没有直接关系，它们之间不是“父子”关系，而是“兄弟”关系，甲亢控制满意对眼病有帮助，但并不是一定会好转的。
治疗
甲亢治疗有三种方法，抗甲状腺药物治疗，放射碘治疗和手术治疗。
抗甲状腺药物治疗适应范围广，无论大人小孩，男性还是女性，轻症或者重症甲亢，首次发病还是甲亢复发，孕妇或哺乳女性甲亢都可以用药物治疗。抗甲状腺药物有两种——咪唑类和硫氧嘧啶类，代表药物分别为甲巯咪唑（又称“他巴唑”）和丙基硫氧嘧啶（又称“丙嘧”）。
药物治疗适合甲亢孕妇、儿童、甲状腺轻度肿大的患者，治疗一般需要1～2年，治疗中需要根据甲状腺功能情况增减药物剂量。药物治疗有一些副作用，包括粒细胞减少、药物过敏、肝功能受损、关节疼痛和血管炎，药物治疗初期需要严密监测药物的副作用，尤其是粒细胞缺乏，需要告诫患者一旦出现发热和/或咽痛，需要立即检查粒细胞以便明确是否出现粒细胞缺乏，一旦出现。立即停药急诊。药物治疗另一个缺点是停药后复发率高，大约在50%左右。