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一般来说，生殖器溃疡的出现多数是感染病毒导致的。生殖器溃疡的出现，如果没能及时进行治疗，病毒有可能会沿着尿道进入身体，这样对身体就会造成更大的伤害，所以大家一定要重视这个疾病。
引起生殖器溃疡的病因：一是生殖器疱疹、软下疳、梅毒、性病性淋巴肉芽肿等，这些都是比较常见的以生殖器溃疡为特征的性病;二外伤或擦伤、脓皮病、药疹、皮肤结核、恶性肿瘤等;再者就是由于疥螨、滴虫、阴虱、阿米巴痢疾原虫、支原体、淋球菌等病原体引起的感染。不论是哪一种原因导致的生殖器溃疡，都有其特定的表现。
1感染：有报道说，本病与急、慢性病毒感染细菌感染如链球菌、结核杆菌感染，引起的自体免疫异常有关比如：据国内有关报道，本病患者中，有三分之一过去患过结核病或者正在患结核病部分病人经过治疗结核后，不仅结核治愈
2遗传因素：生殖器溃疡有地区性发病倾向，如多见于地中海沿岸国家。
3微量元素：患者病变组织多种微量元素含量增高，如有机氯、有机磷和铜离子也有人发现某些微量元素锌、硒缺乏，可能与生殖器溃疡有关
4免疫异常：患者血清中存在抗口腔粘膜抗体、抗动脉壁抗体等自身抗体，血清中免疫复合物阳性率达60%并与病情活动有关，患者免疫球蛋白增高，淋巴细胞比例失调血管周围、脑脊液、血管壁等病损处可见到淋巴细胞免疫球蛋白、补体等与免疫反应有关的物质，说明生殖器溃疡与免疫失调有密切关系。