1、定义不同
细胞：细胞 （英文名：cell）并没有统一的定义，比较普遍的提法是：细胞是生物体基本的结构和功能单位。已知除病毒之外的所有生物均由细胞所组成，但病毒生命活动也必须在细胞中才能体现。
微生物：个体难以用肉眼观察的一切微小生物之统称。微生物包括细菌、病毒、真菌和少数藻类等。
2、特征不同
细胞：所有的细胞表面均有由磷脂双分子层与镶嵌蛋白质及糖被构成的生物膜。
所有的细胞都含有两种核酸：即DNA与RNA。作为遗传信息复制与转录的载体。作为蛋白质合成的机器─核糖体，毫无例外地存在于一切细胞内。核糖体，是蛋白质合成的必须机器，在细胞遗传信息流的传递中起着必不可少的作用。基本上所有细胞的增殖都以一分为二的方式进行分裂。部分细胞能进行自我增殖和遗传（高度分化的细胞无法自我增殖。）新陈代谢，细胞都具有运动性，包括细胞自身的运动和细胞内部的物质运动。
微生物：生长繁殖快，相比于大型动物，微生物具有极高的生长繁殖速度。
3、研究历史不同
细胞：细胞（Cells）是由英国科学家罗伯特·胡克（Robert Hooke，1635～1703）于1665年发现的。当时他用自制的光学显微镜观察软木塞的薄切片，放大后发现一格一格的小空间，就以英文的cell命名之，而这个英文单字的意义本身就有小房间一格一格的用法，所以并非另创的字汇。
微生物：微生物的形态观察是从安东尼·列文虎克发明显微镜开始的，他利用能放大50～300倍的显微镜，清楚地看见了细菌和原生动物，他的发现和描述首次揭示了一个崭新的生物世界——微生物世界。在微生物学的发展史上具有划时代的意义
微生物和单细胞生物都指的是生物学上的分类单位，但它们之间存在一些区别。
1. 定义: 微生物是一类非常小的生物体，包括细菌、真菌、病毒和原生动物等，它们在肉眼下通常无法被看到。单细胞生物是指由单个细胞组成的生物，可以是微生物也可以是其他类型的生物。
2. 大小: 微生物可以非常微小，以至于需要显微镜才能观察到，而单细胞生物的大小可以有所变化，但通常也非常小。
3. 组织结构: 微生物通常只由单个细胞构成，并且没有真正的组织结构，它们的细胞结构相对简单。而单细胞生物在细胞水平上也只由单个细胞构成，但有些单细胞生物具有更复杂的细胞结构，例如有细胞核的真核细胞。
4. 分类: 微生物是一个更广泛的概念，包括细菌、真菌、病毒等不同类型的生物。单细胞生物可以是微生物也可以是其他类型的生物，例如某些真核生物也可以是由单个细胞构成的。
总的来说，微生物是涵盖了多种类别的生物群体，而单细胞生物则是指由单个细胞构成的生物，可以包括微生物在内，也可以包括其他类型的生物。
微生物和单细胞生物是生物科学中两种不同的生物分类。微生物指的是一类形状微小、必须用显微镜才能观察到的微小生物，包括细菌、放线菌、酵母菌、霉分菌、立克次氏体、支原体、衣原体和古生菌等。而单细胞生物指的是由单个细胞组成的生物，它们具有简单的生命结构和单一的细胞器。
区别如下：
细胞结构 。微生物的细胞结构相对简单，没有细胞核，只有细胞质和细胞壁；单细胞生物的细胞结构复杂多样，包括细胞核、细胞质、细胞膜等。
大小 。微生物的大小相对较小，细菌的直径一般在1-10微米之间；单细胞生物的大小相对较大，常见的细胞直径在几个微米到几十个微米之间。
细胞数量 。单细胞生物是指一个细胞就能完成该生物全部生理活动的所有生命行为；微生物是单细胞或多细胞生物的总称。