深圳地铁号线目前途经蛇口片区、南山中心区、下穿欢乐谷、华侨城、安托山后沿侨香路行进。沿莲花路、新洲路至深南大道东行，经福田中心区、中心公园、华强北片区。从荔枝公园转入深南路，设大剧院站、湖贝站、黄贝岭站，绕过新秀立交后到达终点新秀站。三期开通运营后，区间将延长至赤湾站到盐田路站，沿途经过莲塘片区，沙头角片区盐田片区和梅沙片区。
1. 赤湾站：是2号线工程的起点站，接蛇口西车辆段。
A、B出入口：预留
C出入口：港航路
公交接驳：M371（单边）、226（单边）、329（单边）、B601（单边）、B600
2. 蛇口港站：位于蛇口客运港前、港湾大道南侧。
A、B、D2：预留，接口尚未开通
C：蛇口客运码头
D：中集集团（CIM C）
公交接驳：113、226、328、329、332、70、77、M371、204、B601、B687、J1、K 105、K 113等。
3. 海上世界站：位于太子路上、太子广场前，设计与12号线（南宝线）换乘。
AB：暂未开通
C：七天假日酒店
D：金融中心、南洋商业银行蛇口支行
公交接驳：77、204、226、331、332、M371、B 687、K 105、K 204等
4. 水湾站：位于南水路上，水湾路西侧。
A、B：预留，尚未开通。
C：公园路、招商路、蛇口新街
D：水湾路、太子路、荔园路
公交接驳：77、331、M371、B602等
5. 东角头站：位于南水路与蛇口新街交叉口。
C：预留，尚未开通
A：蛇口菜市场、蛇口大厦、渔二村、中国海关
B：蛇口广场、蛇口油库、东角头美食休闲城
D：蛇口人民医院、蛇口影剧院、蛇口小学、蛇口中学
公交接驳：19、37、79、80、J1、B737等
6. 湾厦站：位于后海滨路上，招商东路南侧。
A：澳城花园酒店、澳城花园
B：育才集团小学、弘都世纪公寓、卓越维港
C：育才三中、星海华庭
D：金色阳光雅居、后海公馆、东帝海景花园
公交接驳：B802
7. 海月站：位于后海滨路与工业八路交叉口。
A：太古新城地下商业南广场
B：太古新城地下商业北广场
C：招商海月花园
D：天骄华庭
公交接驳：B 700、B737
8. 登良站：位于后海滨路上、登良路南侧。
A：后海滨路、东滨路、后海大道
B：后海滨路
C：后海滨路、登良路、龙城路
D：后海滨路、登良路、龙城路
E：后海滨路、东滨路、北师大附中
公交接驳：B794
9. 后海站：位于后海滨路与海德二道交叉口。与地铁11号线（机场线）换乘
A：深圳湾体育馆
C：暂未开通
D1和D2：凯宾斯基酒店
E1：保利剧院、保利文化中心、海岸城
E2：连接保利文化中心物业区
公交接驳：72（单边）、J1（单边）、B814、121、229、B605、J1等
10. 科苑站：位于高新南十道上、科苑南路东侧，车站间距为2273m，本站为地下二层岛式站台车站，
A：海阔天空
B：海阔天空、彩虹之岸、滨福庭园、阳光带海滨城
C：留学生创业大厦、威新软件科技园
D：武汉大学深圳产学研大楼
公交接驳：109、B682、B814 、M208
11. 红树湾站：位于白石三道上、深湾一路东侧。
A：滨海实验小学
B：住宅小区
C：暂不开通
D：沙河公交总站
公交接驳：109、58、B 610、B 795、B795
12. 世界之窗站：位于深南大道，与1号线（罗宝线）换乘，首通段终点折返站。
A：欢乐谷，益田假日广场东门
C1：深南路北侧，沙河世纪广场
H1：深南路南侧，世界之窗停车场
H2：深南路南侧
I：深南路南侧，世界之窗停车场
J：深南路南侧，世界之窗正门
B、C2：因益田假日广场暂时封闭
公交接驳：观光巴士线、21、26、32、54、59、79、90、101、109、113等
13. 侨城北站：位于侨香路路中，中航沙河工业区南侧。
14. 深康站：位于深康村，侨城东路西侧。
15. 安托山站：位于侨香四道。与7号线（西丽线）换乘。
16. 侨香站：位于侨香路、农园路路口。
17. 香蜜站：位于侨香路、香蜜湖东侧。
18. 香梅北站：位于侨香路，香梅北路西侧。
19. 景田站：位于莲花路，景田路东侧。与9号线（梅林线）换乘。
20. 莲花西站：位于新洲路，红荔路路口。
21. 福田站：位于深南大道，民田路东侧。
与3号线（龙岗线）/11号线（机场快线）/广深港客运专线福田站换乘。
22. 市民中心站：位于深南大道，金田路西侧。与4号线（龙华线）换乘。
23. 岗厦北站：位于深南大道，彩田路东侧。
24. 华强北站：位于振华路、华强北路西侧。与7号线（西丽线）换乘。
25. 燕南站：位于振华路、上步路西侧。
26. 大剧院站：位于深南大道、大剧院南侧。与1号线（罗宝线）换乘。
27. 湖贝站：位于深南大道、东门中路东侧。
28. 黄贝岭站：位于深南大道、北斗路路口。与5号线（环中线）换乘
29. 新秀站：位于新秀路、罗芳路口。
（以下站点建设中暂未开通）[4]
30.莲塘口岸站：位于罗沙公路以南，延芳路以西，西岭花园西侧山脚。
31.仙湖路站：位于国威路与仙湖路交叉口处。
32：莲塘站：位于国威路与畔山路交叉口处。
33：梧桐山南站：位于罗湖区罗沙路北侧，车站横跨公交集团地块及梧桐山国家风景管理区。
34：沙头角站：位于深盐路与园林路交叉口处，沿深盐路东西向布置。
35：海山站：位于盐田区深盐路，香径南街与海山路之间。
36：盐田港西站：位于盐田区深盐路与海景二路交叉口西侧，东部阳光花园小区和威明电子有限公司之间。
37：深外高中站：盐田路与中青一路交口处，中青一路下。
38：盐田路站：位于盐田区盐田路与东海道交叉口西侧，北部富基金港小区和佳兆业停车场之间。
（以下站点规划中）
39：北山道站（规划中)
40：盐田海鲜街站（规划中)
41：盐田港东站(规划中)
42：大梅沙站（规划中)
43.：小梅沙站（规划中）