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16号线将由北京京港地铁无限公司担任运营。2010年11月，在第十四届京港洽商会上，16号线停止了意向性签约。 2014年11月26日，在北京举办的第十八届京港洽商会上，北京市交通委员会代表北京市当局与北京京港地铁无限公司及其三方股东签订了《北京地铁十六号线项目意向书》。 2015年2月8日，北京市交通委员会代表北京市当局与北京京港地铁无限公司草签了《北京地铁十六号线项目特许协定》（简称《特许协定》）。按照《特许协定》，京港地铁采取PPP形式参加16号线的投资、建立跟运营，并获得16号线30年的运营权。
