微生物包括什么呢？微生物包括：病菌、病毒感染、细菌及其一些中小型的原生生物、显微镜藻类植物等以内的一大类微生物人群，它个人细微，与人类密切相关。包含了有利跟危害的诸多类型，普遍涉及到食品、药业、工业、环境保护、体育文化等众多行业。在中国教材中，将微生物菌种区划为下列8大类：病菌、病毒感染、细菌、放线菌、立克次氏体、衣原体、支原体、球菌。一些微生物菌种是人眼能够看到的，像归属于细菌的菌类、野生灵芝、平菇等。也有微生物菌种是一类由核苷酸和蛋白等少数几种成份构成的“非细胞生物”
一、组织学阶段
微生物菌种的形状观查是以詹姆斯·列文虎克创造发明光学显微镜刚开始的，他运用能变大50～300倍的光学显微镜，清晰地看见病菌和原生动物，他的发觉和叙述初次表明了一个全新的微生物全球——微生物菌种全球。在分子生物学的发展历程上具备里程碑式的实际意义。
二、生理阶段
继列文虎克发觉微生物菌种全球之后的200年间，分子生物学的科学研究基本上滞留在形状叙述和分类整理环节。直至19新世纪中后期，以荷兰的巴斯德和法国的柯赫为意味着的生物学家才将微生物菌种的科学研究从形状叙述推动到生理科学研究环节，揭秘了微生物菌种是导致腐败问题发醇和人和动物病症的原因，并创建了分离出来、塑造、打疫苗和杀菌等一系列与众不同的微生物菌种技术性。进而确立了分子生物学的基本，另外开拓了医药学和工业生产微生物菌种等支系课程。巴斯德和柯赫是分子生物学的创立者。
巴斯德和柯赫的优秀工作中，使分子生物学做为一门单独的课程刚开始产生，并出現以她们为意味着而创建的各支系课程，比如细菌学（巴斯德、柯赫等）、消毒杀菌外科技术性（J.Lister），医学免疫学（巴斯德、Metchnikoff、Behring、Ehrlich等）、土壤层分子生物学（BeijernckWinogradsky等）、病毒学（Ivanowsky、Beijerinck等）、植物病理学和真菌学（Bary、Berkeley等）、酿造学（Hensen、Jorgensen等）及其化学治疗法（Ehrlish等）。分子生物学的研究方向逐步丰富多彩，使分子生物学发展趋势更为快速。
三、当代分子生物学
19十世纪和20新世纪初，分子生物学被牢固地创建起來。它的关键发展趋势有两个层面：一是科学研究传染性疾病和医学免疫学，科学研究病症的预防和有机化学治疗剂的作用；另一方面是和细胞生物学的融合。
在历史上,分子生物学的发展趋势曾经历了2个光辉的辉煌时代,也经历了其发展趋势的低潮期阶段。近20年来,伴随着基因组学、结构生物学、生物信息学、PCR技术性、高分数率光学显微镜以及它物理学基础理论和技术性等的运用,使分子生物学的科学研究获得了一系列开创性进度,分子生物学己摆脱其低潮期,刚开始进到它的第三个辉煌时代。文中就以下好多个层面谈一谈自己对现如今微生学发展趋势的机会、挑戰和发展趋势的一些了解。