剖腹产可降低新生儿免疫力及抗感染能力，增加新生儿感染的机会。因此专家建议，在条件允许的情况下，产妇最好自然分娩，这样更有利于新生儿健康。
隐患一：麻醉对胎宝宝的影响
几乎所有的麻醉药及镇痛药对中枢系统都有抑制作用，都较易通过胎盘屏障而进入胎儿体内。胎盘的一个重要的作用就是充当胎儿的肺，进行着气体的交换。但实际气体交换的效率只有肺的1/150。母体血液输送的氧气要通过胎盘的绒毛间隙进入胎儿血液循环，胎儿血中的二氧化碳也要通过弥散的方式进入母体血液循环。
麻醉药物会通过两种方式对胎儿产生影响，即直接抑制胎儿呼吸、循环中枢，或通过抑制母体呼吸循环而间接对胎儿产生影响。过量的麻醉药或手术中妈妈出现了因呼吸抑制的低氧血症，都会影响宝宝的氧气供应和代谢废物的排出，直接威胁着宝宝的生命安全。因此，在选择剖宫产麻醉时，医生必须慎重考虑用药的种类、剂量、时机和方法，以防止对胎儿产生直接或间接的不利影响。
隐患二：剖腹产男婴免疫力更低
据报道，同样是剖腹产，男婴比女婴的免疫力更容易下降。剖腹产真的对不同性别的婴儿有不同影响吗?
产科医生抽取刚刚出生的63名女婴和69名男婴的静脉血，将其中的免疫球蛋白进行对比。其中自然分娩68例，剖宫产64例。研究表明，自然分娩的男婴与女婴免疫力差别不大;与自然分娩相比，剖腹产新生儿的免疫力及抗感染能力相对较差，这一现象在男婴身上表现得更为突出。
专家解释说，控制免疫球蛋白合成的基因(主要用于增加人体免疫力)，位于人体X染色体中，而女性的 这种染色体比男性要多一个，因此，女婴的免疫力比男婴强。
专家在研究中，对阴道分娩和剖腹产分娩的新生儿脐静脉血补体含量进行比较，其中，阴道分娩组新生儿脐血免疫球蛋白含量明显高于剖宫产组，原因是阴道分娩新生儿的免疫球蛋白是在临产时，尤其是通过产道时，由于受到宫缩的挤压而从母体获得。由此看来，剖腹产可降低新生儿免疫力及抗感染能力，增加新生儿感染的机会。因此专家建议，在条件允许的情况下，产妇最好自然分娩，这样更有利于新生儿健康。
对阴道分娩和剖腹产分娩的新生儿脐静脉血补体含量进行比较，其中，阴道分娩组新生儿脐血免疫球蛋白含量明显高于剖宫产组，原因是阴道分娩新生儿的免疫球蛋白是在临产时，尤其是通过产道时，由于受到宫缩的挤压而从母体获得。由此看来，剖腹产可降低新生儿免疫力及抗感染能力，增加新生儿感染的机会。因此专家建议，在条件允许的情况下，产妇最好自然分娩，这样更有利于新生儿健康。
对阴道分娩和剖腹产分娩的新生儿脐静脉血补体含量进行比较，其中，阴道分娩组新生儿脐血免疫球蛋白含量明显高于剖宫产组，原因是阴道分娩新生儿的免疫球蛋白是在临产时，尤其是通过产道时，由于受到宫缩的挤压而从母体获得。
由此看来，剖腹产可降低新生儿免疫力及抗感染能力，增加新生儿感染的机会。因此专家建议，在条件允许的情况下，产妇最好自然分娩，这样更有利于新生儿健康。
隐患三：剖腹产儿容易患统合失调症
在北京一些医院，剖腹产率有时高达50%。专家说，除了必须剖腹产者外，其实很多女性是怕痛、想保持身段苗条，甚至是考虑将来夫妻生活的和谐等等。但是，这些准妈妈们可能不知道--剖腹产儿容易患统合失调症 。
感制统合能力失调真的和剖腹产有关吗?所谓统合失调症，就是孩子想的和做的不是一回事，他的思维往往无法约束自己的行为，而剖腹产确实是导致孩子统和能力失调的一个原因。
胎儿在母体的一举一动和其未来的命运息息相关，胎儿在母体产道的正常生产过程，同时也是第一次大脑和身体相互协调的抚触机会，而剖腹产就剥夺了孩子最先感觉统合锻炼的权利。这样先天不足的条件和后天不科学的婴幼儿教育，给社会和家庭就带来了一批有学习和行动上的障碍，甚至因为学习成绩不良，被误认为有智力发育障碍的孩子。
其实这些孩子一般智商测试都可在平均水平之上，但由于一般检查很难发现患有统合失调症，因此很难及时对他们进行恢复治疗，由此造成孩子们身体反应严重异常，知觉机能和注意力障碍，进一步影响孩子自觉能力和自尊心。
统合失调症作为现在广泛出现的一种现象，的确应当引起作父母的关注，但是对于必须剖腹产的孕妇来说，也不必把它看得过于可怕。据介绍，患了统合失调症的孩子上学后，通过学校和家庭的慢慢训练、慢慢约束，大部分是可以恢复正常的。做为父母，平时要让孩子尽可能感受到一些来自外界的刺激，多做一些户外活动，平时应鼓励儿童自己动手，包括日常生活、饮食起居。充分的活动锻炼有助于儿童大脑统合能力的提高。
隐患四：剖腹产令“湿肺症”婴儿增多
过去五年因患上“湿肺症”而入住深切治疗部的初生婴儿增加一倍，研究结果显示逾七成患者是经剖腹产出生，而母亲未经阵痛而剖腹分娩，或过早出生的婴孩均有较高风险患上严重湿肺症，可导致死亡。医生呼吁孕妇应首选产道自然分娩，避免个人喜好或便捷而剖腹产子，否则将影响婴儿健康。
一项研究发现，过去五年患初生儿短暂性气促，又名“湿肺症”而需入住玛丽医院初生婴儿深切治疗部(ICU)的个案增加超过一倍，由零二年的二十宗增至去年四十三宗。在一百五十五名出现严重湿肺症病征的婴儿中，七成一是经剖腹生产，以致婴儿不能自行清除肺部积水，其中四成半是出现阵痛前剖腹生产，平均约于三十七周进行剖腹手术。
资料显示，每年因湿肺症入住ICU个案有上升趋势，情况与愈来愈多孕妇选择剖腹产子有关。专家呼吁准父母应首选经产道自然分娩，避免因喜好、择日子甚或预约床位等外在因素而贸然剖腹。她说，婴儿出生前需要一定准备时间，让婴孩的肺部有足够条件吸收部分肺内胎水;另外，母体子宫收缩及经阴道出生可助婴孩把肺部积水挤压出肺外。
即使决定剖腹生产，专家建议在妊娠三十九周后才进行手术。她指出，大部分三十五周以上婴儿的肺部发展虽已成熟，但在三十七周进行剖腹生产仍是太早。当婴儿未足月(即妊娠少于三十七周)又需剖腹生产，便可考虑向母亲注射类固醇，对婴儿无影响之余，又可减低婴儿患湿肺症的风险，但需注意平衡母亲的药物风险。另外，有外国研究称，曾患严重湿肺症的婴儿日后有较高机会患哮喘病等长期呼
隐患五：剖腹产宝宝易患小儿多动症
许多孕妇热衷于选择剖腹产时，医院中传出的关于多动症的消息令人担忧：在多动症孩子的求治人群中，剖复产的孩子占八成。
据专科医生介绍，在医院近期平均每天所治的17名患儿中，剖腹严患儿约有12名，这与有关资料的研究结果相一致。
有些患儿的症状相当严重。如南京郊县的—名10岁患儿。平时“坏习惯”很多，时不时眨眼睛、耸肩、面肌抽动。此外读书不投入，上课时爱擅自说话，虽然智商不低，但成绩并不好。这名剖腹产生下的孩子，令父母大伤脑筋，夫妻因没有教育好孩子而互相指责。直至感情破裂而离异。
据专家分析，剖腹产因产道的改变，使孩子降临人世时的“环境”变化，正常产道生产过程带来的神经接触等感觉破坏，从而使孩子在成长过程中易得多动等神经精神疾病。专家提醒人们不要盲目选择剖腹产，同时还要正确对待多动症孩子，抓紧治疗，理解“环习惯”，多动症状—般能改变。吸道疾病。
隐患六：剖腹产的孩子适应能力差
许多人认为，剖腹产的小孩比阴道分娩所生的孩子更聪明。理由是手术产的小孩不受挤压，不会出现脑部缺血、损伤等情况。其实这是一种误解。
正常分娩时，虽然胎儿头部会受到挤压，但一两天后即可恢复正常。而胎儿受压的同时也对脑部血管循环加强刺激，为脑部的呼吸中枢提供更多的物质基础，出生后容易激发呼吸而呱呱啼哭。此外，胎头经过子宫收缩与骨盆底的阻力，可将积存的胎儿肺内以及鼻、口中的羊水和粘液挤出，有利于防止吸入性脑炎的发生。这些都是剖腹产所不及的。有资料证明：剖腹产的孩子与自然分娩的孩子在智力上并无差异，但剖腹产的孩子的适应能力要比自然分娩的孩子的适应能力差。
人的皮肤是触觉学习的器官，它具有正常的防御性反射，小孩要通过皮肤认识自身和环境，从而对客观世界有一个正常的反应。剖腹产的小孩有一个先天的触觉学习不良，在婴儿时期都会有表现，不能适应皮肤所接触的各种信息，比如洗澡、换衣服、换床铺，适应能力比较差，或者保护性反应比较过度，表现是情绪化，爱哭，睡不好觉，睡不实。