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有多种多样病症都和支原体感染相关。支原体在感染肺脏后可造成非典型性肺炎，在最近几年，这类非典型性肺炎患病率十分高，由于他基本上没什么特异性主要表现，因此在临床医学上也非常容易被错诊。那麼肺炎衣原体感染的原因有什么呢？
该病之病原菌为肺炎衣原体。1965年Grayston初次在一台湾少年儿童之结膜炎分必物中，分离出来出一株与别的支原体不一样的支原体，那时候取名为TW(Taiwan)-183。1983年又在美国西雅图1名亚急性呼吸系统感染的在校大学生咽喉部分必物中，分离出来出另一株支原体而取名为AR-39(acuterespiratory-39)，后经科学研究评定，发觉此两棵实则同一种支原体，其包涵体形状与鹦鹉热支原体相近，但其网状结构体超微结构、单克隆抗体反映及DNA同源性均不同于砂眼及鹦鹉热支原体，1989年宣布取名为TWAR，别称肺炎衣原体，为支原体属中之第三种支原体。
肺炎衣原体的形状与另二种支原体有不一样，但类似鹦鹉热支原体，包涵体为高密度椭圆状，没有糖元碘染色剂呈阴性。透射电镜下原体典型性为梨型，也可以呈多形性，均值直徑380nm，周边原桨区很大;始体为球型，均值直徑510nm。
肺炎衣原体的关键外膜蛋白(MOMP)为关键结构蛋白，其最重要的是热休克蛋白(HSP)，是其关键的发病物质，特别是在与血管子宫内膜损害及主动脉粥样硬化的产生息息相关。现阶段孰知有两个血清型。
组织塑造较别的支原体艰难，能用Hela体细胞、229体细胞、HEP-2(人喉癌)体细胞、McCoy体细胞及MTED(人支气管上皮细胞)细胞培养，在其中HEP-2体细胞最比较敏感。