对于腹腔镜手术主要是用于治疗不孕不育的情况，但是这个手术是通过向腹内探镜的方式进行的，所以操作不当可能就会对身体产生负面的影响。最常见的后遗症就是伤口异常的疼痛、腹部出现刺痛以及连带着身体的其他部位特别的疼。对于出现的后遗症一定要重视，就是寻求医生的帮助，才可以帮助后遗症有效的解决。
1、 伤口疼痛：由于伤口为2、3个一公分不到的伤口，因而一般疼痛都相当轻微，使用一般的止痛药对此种疼痛都很有效。
2、腹痛：通常是广泛性的下腹痛，这是因为腹膜在术中受到拉扯及灌气后形成张力刺激所造成，加上所灌入腹腔中的二氧化碳极易与水作用，形成碳酸，加重了腹膜的刺激，所以会有广泛性的腹痛。遇到此种情形，可以使用轻量的止痛剂，就可得到疏解。
3、肩膀、后颈酸痛：这是因为残存的二氧化碳气体，刺激横膈神经造成的放射性疼痛，此种疼痛利用止痛及肌肉松弛剂都可奏效，但对于严重的肩部酸痛，则利用气体往高处爬的原理，让病人采头低脚高的姿势，把臀部提高超过胸部，让腹部的残余二氧化碳移往下半身，这样大都可以有效的缓和此种肩膀、后颈酸痛的现象
4、喉咙痛：目前腹腔镜的麻醉大多采用全身麻醉，全身麻醉时会将气管内管放入气管中，控制病人的呼吸及给予气体性的麻醉药，因而手术后病人会感觉到喉咙有异物的感觉，这是因为喉咙气管内管的压迫一、二个小时后，发生水肿或充血的现象，此现象通常在24～36小时后才出现，但此种现象在48小时后逐渐消失，因而大都不需治疗。倘若因而喉咙疼痛或咳嗽厉害时，可以使用一些消炎止痛或止咳药，减少因咳嗽造成的伤口不适。
5、全身肌肉疼痛：这种情况相当少见，通常发生在手术后12小时左右。因为全身麻醉时，必需使用肌肉松弛剂，以控制病人的呼吸及麻醉深度，这些肌肉松弛剂有时会造成术后肌肉不协调，导致不当的用力及肌肉收缩，此种情况通常在48小时后就自然复原，因此不需要特别的治疗。
6、恶心、呕吐：在腹腔镜手术中，由于要维持下腹部的「路口净空」，因而都采用「头低脚高」的姿态，如此虽达到手术视野清晰的状态，却使呼吸压力增大，很容易发生胃胀的现象，手术后也就容易有呕吐、恶心的现象，因此手术医师或麻醉师若在手术中发现病人的胃部有「充气」的现象，就应放入鼻胃管加以引流，术后就比较不会有呕吐的现象。倘若术后恢复期发现有严重呕吐的现象，就需置入鼻胃管，将胃液及气体引流出来。当然，如果这样处理仍发生持续性的呕吐，就必须考虑是否是肠阻塞、中枢神经障碍或新陈代谢不平衡所致，因此就要详加探究原因了。