明朝的金陵指的是南京。
明太祖洪武元年正月初四（公元1368年1月23日）称帝，八月初二诏以金陵为南京；洪武十一年正月（1378年2月）定为京师；成祖永乐十九年正月初一日（公元1421年2月2日）迁都，仍为南京。
明朝京师南首都从内到外由宫城、皇城、首都、外郭四重城墙构成。数百年的沧桑，宫城、皇城、外廓三圈城墙已破坏殆尽，惟有矮小的首都墙，除城门等木构制作不复存在，城墙仍然屹破。所以，平日所称的“南首都墙”、“南京明城墙”即指首都墙。
南首都的建筑可能分红四个阶段。第一阶段是在钟山的西南麓新筑皇城跟改筑南唐以来的金陵旧城；第二阶段是自旧城的西北端沿外秦淮河向北筑新城墙直到龙江关（今下关）；第三阶段是制作聚宝门、三庙门、通济门各重要城门，以及玄武湖旁城墙跟各重要街道；第四阶段是制作外郭城。