吕公堡建村于唐朝，因村西北有吕公墓（传说为吕洞宾墓）而得名，属河北道莫州长丰县。
后晋天福元年（936年），石敬瑭割幽云十六州给契丹，吕公堡属契丹。后周显德六年（959年）柴荣光复。北宋熙宁六年（1073年），省长丰县为镇并入任丘县，吕公堡属之。清初设吕公堡镇。清乾隆二十四年（1759年）为吕公堡社，辖27村。