古琴曲《深谷流水》的创作历史可能追溯到唐代时代。据传，在唐玄宗时代，有一位名为林隐的古琴吹奏家，他常常到山川之间漫步，察看天然风景之美，感触万物之灵性。林隐常常把他对天然的感悟跟神韵诉诸于音乐中，构成了很多有名的古琴曲目。其中，有一首名为《流水》的曲子，据考证，就是《深谷流水》的最早版本。
宋朝时代，音乐家白朴在吹奏《流水》时为其加上了深谷的主题，并将曲名改为了《深谷流水》。这个版本成为了现代所传播的《深谷流水》。在白朴的改编下，《深谷流水》成为了更存在完全性跟深度的曲目，并广为传播。白朴对原曲的加工，让《深谷流水》的音乐主题愈加丰富，使曲子中不只有美丽的流水跟绚丽的山峦，并且充斥了对山川之美的夸奖跟歌唱。
总之，古琴曲《深谷流水》的创作历史充斥了传说色彩跟人文情怀。在中国传统文化中，山川被认为是人与天然之间的重要联合点，而《深谷流水》则是表示出了中华平易近族对山川之美的夸奖跟崇拜，代表了中国现代文化的深沉底蕴跟精美精力面貌。