南京南站到上海南站无直达列车；首选，“南京南站”乘高铁至“上海虹桥”站（车次多），“上海虹桥火车站”站乘坐地铁10号线到“虹桥路”站，换乘地铁3号线到“上海南站" ；或许从虹桥火车站步行约350米，达到虹桥西交通核心站；乘坐虹桥枢纽1路，经过20站， 达到上海南站（北广场）站；步行约240米，达到上海南站。其次，“南京南站”乘高铁至“上海”站（每日凌晨2班，G7035次、G7039次），上海站乘地铁1号线（11站）至“上海南”站