JR东日本公司跟JR东海道公司在东京境内运营的是东海道新支线、西南-上越新支线、山版手线、中心线权、京叶线、埼京线之类的地上的电车、火车线路，同时另有私营的东京急行电铁、京滨急行电铁、小田急行电铁的电车、火车线路以及其余公司运营的京成电铁、京王电铁、西武、东武铁道等。 而东京地铁重要有东京地下铁股份有限公司运营的营团线跟东京都交通局运营的都营线两种，有银座线、日比谷线、千代田线、丸之外线、浅草线、大年夜江户线等线路。