2007年12月29日，上海地铁9号线一期工程（松江新城站至桂林路站）开通运营，因为线路脱网运营，桂林路站至宜山路站区间采取空中公交收费接驳。
2008年12月28日，上海地铁9号线一期遗留段（桂林路站至宜山路站）开通运营，桂林路站至宜山路站区间短驳公交同时撤消，上海地铁9号线接入上海地铁网。
2009年12月31日，上海地铁9号线二期工程（宜山路站至世纪小道站）开通运营。
2010年4月7日，上海地铁9号线徐家汇站与上海地铁1号线实现站内换乘，二期工程遗留站杨高中路站投入利用。
2012年12月28日，上海地铁9号线三期南延长段工程（松江新城站至松江南站）开通运营。
2014年9月26日，上海地铁9号线三期东延长段（杨高中路站至曹路站）开工建立。
2016年12月16日，上海地铁第4000辆列车暨上海地铁9号线三期首列0954号车到达上海。
2017年12月30日，上海地铁9号线三期东延长段（杨高中路站至曹路站）开通运营。
2020年1月25日至1月29日，上海地铁9号线松江南站站至松江新城站下行（往松江新城偏向）单向地道常设停运整修施工，下行地道采取单线双向方法运营。