苹果果肉变黄的一个罕见原因是氧化反应。当苹果果肉裸露在氛围中时，其中的酶类物质会与氧气结合，从而惹起氧化反应。这种反应会招致苹果果肉中的酚类物质氧化，产生棕色的化合物。因此，苹果果肉会逐步变黄。
苹果果肉变黄还可能与果肉中的酚类物质的含量有关。苹果中的酚类物质重如果多酚类化合物，如类黄酮跟异黄酮等。这些物质在果肉中含量较高时，轻易产生氧化反应，从而招致果肉变黄。因此，差别品种的苹果在果肉的酚类物质含量上可能存在差别，招致变黄的速度跟程度也差别。
其余，果肉的pH值也可能影响苹果的变黄程度。研究标明，果肉的pH值越低，苹果变黄的速度就越快。这是因为低pH值下，果肉中的酶类物质更轻易发挥催化感化，促进氧化反应的产生。
苹果果肉变黄还可能与果肉中的酶活性有关。苹果中存在一种名为多酚氧化酶的酶类物质，它可能催化酚类物质的氧化反应。若果肉中的多酚氧化酶活性较高，那么苹果果肉在氛围中的变黄速度就会更快。