芹菜的重要病害是炭疽病跟霜霉病。炭疽病是由炭疽菌惹起的，叶片上会呈现黑色斑点，严重的话会使得全部芹菜植株枯逝世。而霜霉病则是由霜霉菌惹起的，芹菜叶片上会呈现白色粉末状的霉菌，影响芹菜的生长跟产量。
芹菜的重要虫害是蚜虫跟飞虱。蚜虫是芹菜上罕见的益虫，它会吸食芹菜的汁液，招致芹菜生长迟缓，乃至呈现畸形。飞虱则会在芹菜的叶片上钻孔并吸食汁液，使得芹菜叶片变黄、干涸。
其余，芹菜还轻易遭到蜗牛、粉虱、斑点叶螨、蜘蛛等益虫的侵害，这些益虫都会直接或直接地影响芹菜的生长跟产量。