小麦根腐病菌以分生孢子沾附在种子名义与菌丝体潜伏种子外部越夏、越冬；分生孢子跟菌丝体也能在田间病残体上越夏或越冬。因此泥土带菌跟种子菌是苗期发病的初侵染源。当种子萌发后，病菌先侵染芽鞘，后蔓延至幼苗，病部长出的分生孢子，可经风雨传播，停止再侵染，使病情减轻。不耐寒或返青后遭受冻害的麦株轻易产生根腐，高温多湿有利于地上部分发病，24—28℃C时，叶斑的产生跟坏逝世率敏捷上升，在25—30℃时，有利于产生穗枯。重茬地块发病逐年减轻。
小麦根腐病是真菌惹起的病害。病菌以菌丝体、分生孢子埋伏或附着病残体跟种子越夏、越冬，成为初次侵染重要来源。