主要区别如下：
1、概念不同
（1）1210是给入驻保税区（B型保税物流中心）的跨境电商的海关监管代码。
（2）9610是给跨境电商的海关监管代码。
2、退税方式不同
（1）1210俗称备货模式，保税仓的商品可以多次先出口，经过监管区，到每月月底来汇总数量之后，再一次性口岸集报，生成一份正式报关单，等于说一个月的量，最后再由跨境电商企业去税局办理退税。
（2）9610就是俗称的集货模式，采用“清单核放、汇总申报”方式，电子商务企业向海外出售的货物以邮、快件等方式运输，分批核放出境，之后定期将已核放的清单归并形成报关单，并根据相关合作机制通过电子口岸将报关单电子数据提供给税务、 外汇管理部门，便利电子商务企业办理退税、结汇手续。
四位代码，其中前二位是按海关监管要求和计算机管理需要划分的分类代码，后二位为海关统计代码。“96”应该代表“跨境”，“12”应该代表“保税”。其他类似的代码还有0110，代表的是一般贸易。9610-直购进口模式：
“9610”全称“跨境贸易电子商务”，简称“电子商务”，俗称“集货模式”。适用于境内个人或电子商务企业通过电子商务交易平台实现交易，并采用“清单核放、汇总申报”模式办理通关手续的电子商务零售进出口商品。1210-保税备货模式：
“1210”俗称“备货模式”，操作起来比“9610”要简单的多，但目前只能在国内跨境电商试点城市，及跨境电商综合试验区的城市的保税物流中心执行。
“1239”全称“保税跨境贸易电子商务A”,简称“保税电商A”。与“1210”监管方式相比，“1239”监管方式适用于境内电子商务企业通过海关特殊监管区域或保税物流中心(B型)一线进境的跨境电子商务零售进口商品。
海关在监管时为了将二者区分开来：对于免通关单的试点城市，继续使用1210代码；对于需要提供通关单的其他城市（非试点城市），采用新代码1239。综合来说，9610是给跨境电商的海关监管代码。1210是给入驻保税区（B型保税物流中心）的跨境电商的海关监管代码。