深圳市在1993年便成立了“深圳市城市铁路客运系统（地铁）建设领导小组办公室”，以规划深圳市交通的进一步发展。1998年5月中华人民共和国国家计划委员会（现称“中华人民共和国国家发展和改革委员会”）批准“深港罗湖、福田/落马洲口岸旅客过境轨道接驳工程”项目建议书，工程获得立项，并更名为“深圳地铁一期工程”；同年7月，深圳市地铁有限公司经工商注册正式成立，同时撤消“深圳市城市铁路客运系统（地铁）建设领导小组办公室”；8月，深圳地铁一期工程可行性研究报告通过专家评审。深圳地铁一期工程的实验站点市民中心在1998年12月28日初步开工建 深圳地铁部分站点在翌年12月开始建造，而其他站点则到2001年3月方动工兴建。其土木、轨道工程在2003年夏建成，并在翌年进行调试及试运营。而正式开通则推延至2004年12月28日17:00，比当初预期开通的时间推迟了大约半年。而试运营期则於2006年6月30日结束，次日开始转入正式商业运营。一期工程开通的线路包括罗宝线（深大－罗湖）和龙华线（少年宫－福田口岸）。但由于涉及与香港接驳方面的的问题，皇岗站在一期工程完成时并未启用。福田口岸站的启用龙华线由福民站至皇岗站一段于2007年6月28日展开试运行，以准备7月1日皇岗站的启用。该站已于2007年7月1日启用，并连接福田口岸。自8月15日福田口岸开通后，地铁乘客便可通过口岸检查，在香港境内的港铁落马洲站转乘东铁线或其它交通工具前往香港各区。车自动控制系统，即CBTC (Communication-basedT rain C ontrol)也称移动闭塞信号系统。该系统借助无线网络进行数据传输，使用公用频段2.4G hz。而深圳地铁其他线路使用的是半移动闭塞信号系统，并不使用公用频段，所以没有被Wi-fi干扰之忧。地铁三期工程将进一步完善城市功能、缓解交通压力、方便市民出行。殊不知，地铁三期西丽线、梅林线、机场快线沿线迁移范围内将牵扯到5万株树木的乔迁工作。据市绿化管理处负责人介绍，将由包括市绿化管理处在内的7家单位负责实施，5万株树的1.1亿元乔迁费用已经上报审批。如果审批通过，届时每株树木的乔迁费用是2200元。
