根据2006年发表的《东莞市轨道交通建设规划》[1]，东莞轨道交通将设有4条市域线（R1至R4线）和1条市郊铁路（广深市郊铁路）。
R1线
R1线R1线由麻涌镇麻涌站连接黄江镇黄江南站，呈西北至东南走向，是东莞连接广州、深圳的快速联络线。全长65.8公里，地下线占13.6公里，其余均为地上线。该线是五条路线之中最长的一条，亦是R1至R4线中站距最长的。设站6至9个，其中3个为换乘站。在西北端麻涌镇连接广州地铁蟹山站，东南端黄江镇则连接深圳地铁[3]。
在深圳市规划局发表的《深圳市轨道交通规划》中，R1线将会与深圳地铁6号线互相接驳，在时机成熟时两线列车可直接来往东莞莞城和深圳龙华火车站，以实现深莞城际线的功能。
R1线麻涌站至松山湖站一段，预计于2016年动工，2020年通车；余下松山湖站至黄江南站一段，将会在2021年至2025年间建设[4]。
R2线
R2线R2线由石龙镇石龙站通往长安镇的长安汽车站，连接东莞西部的密集城镇带，呈北至西南走向。全长59.4公里，地下线占约11.7公里，计划设站20个，其中4个为换乘站，分别是与广深市郊铁路换乘的石龙站、与广深港高速铁路交汇的新东莞站、与R1线换乘的会展中心站和与R3线换乘的长安汽车站。北部在石龙预留接口往增城，南部则在长安通往深圳，连接深圳机场站[5]。同时，R2线会展中心站至长安汽车站一段亦会与广深城际轨道交通（即穗莞深城际线）共线运营[2]。
R2线预计于2009年动工建设，2015年完工通车[4]，是R1至R4线中计划最早通车的路线。
在2007年4月1日东莞市图书馆的展示中，R2线的站点首次对公众公布[6]。R2线全线站名如下：
石龙－茶山－学院路北－理工学院－东城西路－横中路－会展中心－新城中心－南城水濂公园－厚街大道－厚街汽车站－厚街展览中心－新东莞站－虎门汽车站－虎门商贸城－大宁－长安厦边村－长安沙头－长安步行街－长安汽车站
R3线
R3线R3线连接长安镇长安汽车站和谢岗镇谢岗南站，是一条西南至东走向的路线，目标是促进东莞东西部交通联系。全长57.4公里，其中有约12.0公里为地下线，并计划设站19至29个及4个换乘站。其中两个换乘站分别交汇R1、R2线，另外两个换乘站与国家铁路（包括广深市郊线）东莞站及东莞东站交汇。R3线的东段沿京九铁路而行，并在通过谢岗镇后，设有与惠州城市轨道交通交汇的预留接口。
R3线计划分三段建设，第一期工程为松山湖站至东莞东站，将于2016年至2020年间建设；第二期长安汽车站至松山湖站将于2021年至2025年间建设；第三期东莞东站至谢岗南站的建设时间为2025年至2030年[4]。
R4线
R4线R4线位于东莞东南部，呈东西走向连接黄江镇黄江南站至清溪镇清溪汽车站。全长25.2公里，全线均为地上线，计划设站8至12个。除了在黄江南站与R1线换乘外，亦有一站与广深市郊铁路换乘。
R4线预计在2025年动工建设，2030年完工通车[4]。
广深市郊铁路
广深市郊铁路广深市郊铁路指现行的广深铁路。该铁路在东莞市内将具备城市轨道交通的功能，作为北至东南方向的路线，俱有连接东部城镇密集带的功用。东莞段全长56.4公里，约设站7个，并有3个换乘车站。
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