从1906年开始，日本在东北境内陆续建立起一套完整的管理机构，主要包括关东厅、关东军司令部、日本领事馆和南满洲铁道株式会社（简称“满铁”）四大机构，开始从政治、军事、外交和经济等方面对中国进行全面渗透和控制。关东厅原为关东总督府。1905年10月18日，日本政府任陆军大将大岛义昌为关东总督。10月31日，关东总督府设于辽阳，次年5月迁至旅顺，成为日本侵略者在中国东北的最高权力机关，隶属日本外务省。 为了管理从沙俄手中接管的南满铁路，1906年6月7日，日本天皇发布第142号敕令，公布设立“南满洲铁道株式会社”（简称满铁）的文件，共计22项条款。7月13日又成立了以儿玉源太郎为委员长的满铁筹建委员会。由于儿玉源太郎曾当过第四任台湾总督，他极力举荐时任台湾总督府民政长官后藤新平，出任满铁总裁一职。后藤新平是医生出身，但心狠手辣，在1902年起任职台湾总督府民政长官的短短5年时间里，曾颁布法令，处死台湾民众33000多人，超过当时台湾总人口的百分之一。7月22日晚，儿玉源太郎约见后藤新平。后藤向儿玉建议：“日本在满洲必须重点经营铁路，其余依次为开发煤矿，从本土移民和发展农业、畜牧业。如此才能有实力与俄国再次进行决战，或者为全面占领中国作好准备。”，儿玉对此方针深为折服。23日下午，后藤新平离开儿玉源太郎的府宅，当晚儿玉源太郎突然暴死。后藤新平转而投靠儿玉源太郎的继任者寺内正毅，答应出任满铁首任总裁一职。1906年11月26日南满洲铁道株式会社（简称满铁）在东京正式成立，资本金2亿日元，其中日本政府以实物投资承担一半，对民间投资则保证按年利六厘分红，股东主要是日本皇室、贵族和官僚。如三菱银行的庄田平五郎、正金银行的园田孝吉、安田银行的安田善次郎、三井物产的益田孝、第一银行的涩泽荣一、兴业银行的添田寿一、日本银行的高桥是清、日本邮船的近藤良平等。1907年3月5日，满铁根据第182号天皇敕令，将总部从东京迁往大连儿玉町（现团结街）原关东都督府民政部办公楼，东京则改为分社。1907年4月1日，“满铁”正式开业，下设调查部、总务部、运输部、矿业部及地方部。至此，影响中国东北乃至整个中国近代史的重要机构——“满铁”，正式登上历史舞台。
