位于碉堡山的学院线任务“碉堡山之役”，虽然是一个和学院友好之后由学院派发的人造人回收任务，但在这里你仍然可以选择去通知已经和你友好的其他势力——钢铁兄弟会和铁路，如果你都不通知或者本身就和这两个势力不友好（未加入这两个势力），那么你之后的剧情走向就是学院线，你会帮助学院一步一步的扎根于联邦，最终学院会歼灭钢铁兄弟会和铁路，尚恩会病逝，玩家会取代尚恩成为学院领导人。如果你在碉堡山之役任务里选择通知铁路，那么之后的任务走向就是铁路线，并且在该任务中铁路领导者黛瑟蒙娜会要求你杀死和你组队的那个学院追猎者，如果你杀死了学院追猎者，那么位于碉堡山地下的人造人就无法回收了，完成任务后在CIT废墟（联邦理工废墟）屋顶和尚恩对话，这里也是个剧情分歧点，如果选择离开学院，则学院转为敌对，一系列学院任务都会失败，之后你就不能再以学院线进行下去了，而如果选择让尚恩原谅你并且表示想回到学院，那么学院线和铁路线即可继续下去，这两根线的分歧点在老后面，并不在这里。（★：注意：如果你和铁路组织友好的话，前来进攻碉堡山的铁路组织士兵则都不会攻击你并且在VATS模式里显示为友好目标，除非你主动攻击他们）如果在碉堡山之役任务里选择通知钢铁兄弟会，那么剧情走向就会倾向于钢铁兄弟会路线和义勇军路线，通知钢铁兄弟会后，麦克森长老不会让你杀死追猎者，但会让你尽可能的歼灭学院势力，所以只要你不自己去杀追猎者，你是仍然可以继续进行回收任务的（和追猎者对话后追猎者会告诉你回收代码，击杀追猎者则会让那些人造人感谢你），而在完成该任务后如果继续协助钢铁兄弟会完成自由至尊，则剧情会要求你去获得自由至尊的动力核心——位于大核融合厂的道具“铍振荡器”，在这里就是完全的剧情分歧点，因为学院也想用铍振荡器给他们的核融合反应炉当作能源核心，所以双方必然会大战一场，如果选择帮助钢铁兄弟会获得铍振荡器，则学院会转为敌对，并且在钢铁兄弟会最终任务（歼灭学院）之前钢铁兄弟会还会要求你去歼灭铁路组织。如果在向钢铁兄弟会汇报的前提下完成该任务后不选择继续协助钢铁兄弟会，而是选择在建造一定数量的聚落点并且完成“城堡夺回”和“老枪旧炮”任务后去和义勇军小队长普雷斯顿·加维谈话，普雷斯顿会告诉你义勇军侦察兵侦察到学院的人造人部队在城堡附近游荡，需要你去防御城堡，此时就会开启义勇军线路的最后几个任务，先到达城堡，，用混凝土地基补好城堡的围墙，然后在围墙上修建防御， 我的建议是修建导弹炮塔和重型镭射炮塔，导弹炮塔对外，重型镭射炮塔对内，城堡面向海水的一方不需要炮塔，因为人造人部队不会传送到水里，学院总共会传送来6波人造人，前5波都会传送到城堡外面，导弹炮塔可以轻松干掉，最后一波也是最强的一波，由第三代合成人和3个学院追猎者组成，学院追猎者会以隐身姿态进入城堡，而隐身的时候炮塔也是看不见的，完成这个任务后再和普雷斯顿交谈，普雷斯顿就会让你去找司吉特寻找进入学院的方法（和学院敌对或者进行其他线路的最终任务之前学院都会转变成无法传送的状态）。最终义勇军会和你一起摧毁学院，铁路和钢铁兄弟会都会幸存下来，这也是惟一一个三方幸存的结局。