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汕头是我国沿海最早设关的口岸之一。早在1685年（清康熙二十四年）粤海关成立后，即在庵埠设立庵埠正税口，后又相继称庵埠总口、潮州总口。1853年（清咸丰三年），粤海关在汕头妈屿岛设立海关，称潮州新关，辖原庵埠总口及其所辖各口。1860年（清咸丰十年）1月，被洋税务司控制的潮海关成立，亦称洋关，这就是汕头海关的前身。1949年10月24日，汕头解放；25日，军管会接管潮海关，结束了帝国主义把持潮海关90年的历史。1950年2月，潮海关更名为中华人民共和国汕头海关，直属海关总署。1984年，海关总署决定，汕头海关升格为局级海关，直属海关总署。