根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的通知》(国税发[2000]14号)文规定：增值税一般纳税人购进或销售货物(固定资产除外)所支付的铁路运输费用，准予抵扣的范围限于铁路运输部门开具的货票上注明的以下项目：运输运营费用(即发到运费和运行运费)，铁路建设基金，临管铁路运费及新线运费。
根据以上规定，你公司发出商品所取得的铁路部门的铁路货票所列明细费用项目中，其中运费和铁路基金两项准予按7%的扣除率计算进项税额抵扣。因此对增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7%的扣除率计算抵扣进项税额。
(4)铁路运费税率扩展阅读：
进项税抵扣注意事项：
1、纳税人是一般纳税人还是小规模纳税人，只有一般纳税人才有可能抵扣进项税额。
2、纳税人采用一般计税方法、简易计税方法或是二者兼而有之。全部适用简易计税方法的一般纳税人不可以抵扣进项税额，只有一般纳税人采取一般计税方法或二者兼而有之的才可以按规定抵扣进项税额。
3、符合抵扣条件的一般纳税人，只有取得符合抵扣条件的增值税扣税凭证才可以抵扣进项税额。目前增值税扣税凭证包括增值税专用发票（包括税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票、完税凭证、道路、桥、闸通行费发票。
4、检查一下扣税凭证票面是否符合开具要求，例如发票专用章不规范、备注栏不符合规定、纳税人名称、税号等要素填写不规范等等。
5、如果上面均符合规定，但用途不符合相关规定的进项税额也不得抵扣。例如用于集体福利、个人消费，简易计税项目、免税项目、购进贷款服务、餐饮服务等。
参考资料来源：网络-运输发票
参考资料来源：网络- 抵扣进项税
参考资料来源：网络-铁路
参考资料来源：网络-国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的补充