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小麦根腐病菌以分生孢子沾附在种子表面与菌丝体潜在种子内部越夏、越冬；分生孢子和菌丝体也能在田间病残体上越夏或越冬。因此土壤带菌和种子菌是苗期发病的初侵染源。当种子萌发后，病菌先侵染芽鞘，后蔓延至幼苗，病部长出的分生孢子，可经风雨传播，进行再侵染，使病情加重。不耐寒或返青后遭受冻害的麦株容易发生根腐，高温多湿有利于地上部分发病，24—28℃C时，叶斑的发生和坏死率迅速上升，在25—30℃时，有利于发生穗枯。重茬地块发病逐年加重。
小麦根腐病是真菌引起的病害。病菌以菌丝体、分生孢子潜伏或附着病残体和种子越夏、越冬，成为初次侵染主要来源。