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病菌主要以卵孢子和菌丝体随病残体潜存在土壤中，条件适宜时，卵孢子可直接萌发出长芽管入侵寄主致病，或产生无性态的孢囊梗和孢子囊，孢子囊成熟时释放出游动孢子作为初次侵染接种体，借助灌溉水传播，从根部侵入致病。
病菌以卵孢子或菌丝体在土壤中存活，病菌从根部伤口侵入，借灌溉水传播蔓延，进行再浸染。高温、高湿利于发病，连作地、低洼地发病重。
根腐病病菌在病残体、土壤、粪肥中越冬,可存活10年以上,是主要的初侵来源。病菌可借助灌溉水流传播,也可随病土移动、施用带菌粪肥及农具等传播。根腐病病菌可从根部伤口开始入侵。
西葫芦根腐病传播途径,是从品种，土壤，灌溉传播蔓延。