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该病菌以菌丝体或分生孢子在病残体或种上越冬，成为翌年初侵染源。种子带菌后长出幼苗的子叶即可见病斑，温湿度条件适宜病斑上产生大量分生孢子，借风雨传播进行再侵染。但风雨传播距离较近，主要侵染四周邻近植株，形成发病中心，后通过发病中心再向全田扩展。气温15—30℃，有水滴或露水存在适于病菌侵入，气温25—28℃有两小时结露很易流行。生产上病害的流行与品种抗病性关系密切，如品种抗性不高，又有大量初侵染菌源，重茬或邻作、前茬为大豆，前一季大豆发病，花后降雨多，湿气滞留或夜间结露持续时间长很容易大发生。
病菌以菌丝体或者分生孢子的性质残留在大豆病残体上，或者是依附于大豆种子上越冬，成为第二年大豆种植侵染的主要来源。携带病菌的大豆种子发芽生长后，可以在植株叶片上看到病斑。大豆灰斑病的发生于大豆种植区域气候条件有着非常紧密联系，如果种植区域温度较高且比较潮湿，子叶上的病菌产生分子孢会借助风力、降雨进行传播，进行再侵染。
早熟品种发病重，低温高湿发病重，重迎茬发病重。