抛开动画的形式和企鹅猪脚们的形象，这就是一部比较“传统”的美国大片，宣扬奋斗与冒险，描绘爱与友情(也许用“羁绊”更合适一点)，歌颂责任和自我牺牲，穿插一些搞笑情节与细节。
先说奋斗与冒险，开场是在南极，冰原上企鹅群正在迁徙，只有我们的猪脚三人组为了一只大家都不在乎的企鹅蛋深入险境，最后猪脚们随着浮冰漂向远方。
片中的奋斗，是指一种不向命运低头的精神。
“我们每年都会丢几只蛋，这是自然规律。”“我拒绝自然规律！谁愿意跟我一起拯救这只蛋，站出来！”
“我们有95%的可能会死”“那另外5%呢？”“我们会得到其他企鹅不曾见过的荣耀”“好，那我们就选择这5%！”
无论是危险的废弃油轮，还是神秘莫测的大海，企鹅们，尤其是“老大”，从未轻言放弃。当浮冰慢慢漂向远方，仿佛一叶扁舟驶向充满危险和诱惑的彼岸，我开始有一种“燃”的感觉，原来，当年那几只会熟练操作机器，会冷静的跟猴子谈判的企鹅，还有这样充满激情和梦想的经历。
至于冒险，则是企鹅们的爱好。记得片头的企鹅前辈们怎么说吗，“我们什么都不会，除了卖萌”，但是企鹅猪脚们可不这么认为，他们在十年中不断磨练技艺，成为了优秀的企鹅特工。潜入本宁堡金库也好，被章鱼戴夫绑架也好，他们只当是一场游戏(嗯，当然少不了猪脚光环)。
然后是爱与友情。既然是四只亲密无间的好基友，那么友情肯定是必不可少的。片中企鹅们的潜入、追逐、打斗等场面中的默契配合，体现了他们多年来的深厚感情。
“菜鸟”这个角色，也许是因为长期以来“老大”记忆中的脆弱形象(就是那只蛋)，在队伍中处于相对边缘化的地位。在企鹅老大向“机密”队长作自我介绍时，“菜鸟”只不过是一个“秘书兼吉祥物”(菜鸟当时也很不高兴)，但是从全片的角度看，菜鸟无疑是一个重要角色，从前半部分一个备受宠爱的孩子(不然为什么给他搞那么隆重的生日庆祝活动？)到目睹前辈们被捕之后的大发神威——逃离监禁，救下北风队员，以及勇敢的自我牺牲，这种转变无疑是友情的影响，以至于菜鸟敢于斥责机密队长“如果老大在的话，不管有没有超级装备，他都会想办法完成任务，你们不帮忙，那我去救老大”。当然菜鸟并没有大发神威到直接干掉章鱼们的程度，只能看着整个企鹅族群(影片里，这些动物园里抓来的企鹅就是整个族群了，请不要在乎片头那些野生企鹅)变成奇形怪状的变异体。然而，友情的威力这时候才真正展现出来，即使语言不通，即使面目全非，即使连神智都不清了，长出了钳子的老大仍然能认出眼前的菜鸟，一如当年大家将他从海豹嘴里救出来的那天。回想起那温馨一刻的老大立即恢复了神智，很快找到了同样面目全非的队友，然后凭着那股不服输的精神，继续同章鱼戴夫战斗。
责任与自我牺牲，是企鹅们的优秀品质。章鱼戴夫宣布了自己的计划之后，机密队长要求主导这次任务，而企鹅老大坚持“他们是我的同胞，我们血肉相连，现在他们处于危险之中，只能我们去救”，两支队伍发生了争执，甚至无意中(…)毁掉了北风特工局的两架飞机，对此，机密队长的办法是把企鹅们麻醉之后送上运输机运到安全屋(似乎也是马达加斯加)，而不愿坐以待毙的企鹅老大毅然选择了空中“越狱”。当然企鹅们并不排斥合作，甚至可以接受对方指挥，但是企鹅们从没有依赖北风特工局的想法，你要撤退可以，但我不会放弃行动。事实上，企鹅们即使变得面目全非，也没有放弃努力，而是坚持和章鱼们战斗。
为了让企鹅们恢复原状，消除变异光束的影响，企鹅四人组偷来了章鱼戴夫的发射器，但是发射器需要“非常可爱的事物”作为能源，那么去哪里找呢？菜鸟毫不犹豫的站到了发射器里，把线路和自己连接起来。老大肯定不会让这最后一只正常的企鹅牺牲自己，但是菜鸟发现了自己的价值，根本不会放弃“这一次，我就是秘密武器”。
我承认，我看到这里流泪了，看一部给熊孩子看的电影，在漆黑的影院里流泪了。因为这种自我牺牲是伟大的，你不是想成为重要角色吗，机会来了，你可以用自己作为能源，让一直疼爱你的老大、柯斯基和瑞柯变回以前的样子，可以让千千万万的企鹅变回原来的样子，可以终结章鱼戴夫的邪恶计划，可以拯救这个世界。那么，去做吧，因为我们企鹅，血肉相连，如果是老大面临同样的情况，也会这样做的，哪怕这样做会让唯一正常的自己，变得根现在这些企鹅们一样面目全非。
最后的结局还算是美好，菜鸟没有变成奇怪的东西，只是长出了一对鹿角，恢复原来形象的企鹅们知道菜鸟为他们作出的牺牲，带着爱和感激接受了他，一直以来都很高傲的机密队长，也不得不承认企鹅们的功劳。而备受冷落的章鱼戴夫，变成了水晶球里的玩具，也遇到了一个喜欢它的主人…额…不过章鱼戴夫的结局似乎不那么好。
总之，在我看来，这就是一部燃点和泪点很奇特，但总体上充满正能量的片子。很传统老套的故事，但不是那种爆米花电影。
如何评价电影《马达加斯加的企鹅》
马达加斯加的企鹅》作为梦工厂出产的作品，首先还是在角色上尽心尽力的展现出极具个性的风采，似乎长得萌才有朋友。的确不能萌的人，那就是很自私，很个人英雄主义，不会在乎别人的感受，没有对他人的爱，就不可能扭成一根绳，就不会赴汤蹈火为了朋友在所不辞。老大、科斯基、瑞哥和菜鸟四个企鹅萌主，不但坚强还很勇敢，也很聪明更是团结友爱。但是因为企鹅们都长得很类似，可辨度不是很高，相反只有菜鸟特征显著。其实这类动漫电影，通过角色的塑造，剧情的逆转，3D效果的点缀，明显很容易吸引观众的眼球，可能是《马达加斯加的企鹅》电视版已经在荧屏上播放，相反压缩版的电影并没有让小朋友们很赞，萌宠是种潮流，但滥俗了，也就不那么让人待见。