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法律分析：工程结算低于合同价的处理方式如下：1、应参照施工合同的约定结算工程价款。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持；2、应按照定额结算工程价款。按照施工成本价进行结算，对双方均无损失，按照施工成本价据实结算是公平的，更有利于维护合同的稳定性和平衡双方利益；3、参照合同约定结算工程款，并将合同约定价款与成本价之间的差额作为损失计入。
法律依据：《建设工程质量管理条例》第十条 建设工程发包单位不得迫使承包方以低于成本的价格竞标，不得任意压缩合理工期。建设单位不得明示或者暗示设计单位或者施工单位违反工程建设强制性标准，降低建设工程质量。