保税区和出口加工区的实质区别如下：
1、包括范围不同
保税区包括20款，即电力建设基金收入、三峡工程建设基金收入、养路费收入、车辆购置附加费收入、铁路建设基金收入、公路建设基金收入、民航基础设施建设基金收入、邮电附加费基金收入、港口建设费收入。
而出口加工区包括企业依法交纳的增值税、企业所得税、资源税、土地增值税、城市维护建设税、房产税、土地使用税、车船税。
2、计算方法不同
保税区计算公式为：
经营净收入=经营收入-经营费用-生产性固定资产折旧-生产税+出租房屋净收入、出租其他资产净收入和自有住房折算净租金等。财产净收入不包括转让资产所有权的溢价所得。
而出口加工区计算公式表示为：人均可支配收入实际增长率= （报告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消费价格指数-100%。
3、服务对象不同
保税区主要适用于个人和家庭的日常消费支付与转账。客户可以通过个人网上银行服务，完成实时查询、转账、网上支付和汇款功能。个人网上银行服务的出现，标志着银行的业务触角直接伸展到个人客户的家庭PC桌面上．方便使用，真正体现了家庭银行的风采。
出口加工区主要针对企业与政府部门等企事业客户。企事业组织可以通过企业网上银行服务实时了解企业财务运作情况，及时在组织内部调配资金，轻松处理大批量的网上支付和工资发放业务，并可处理信用证相关业务。
4、处理方法不同
保税区应按年计算，分月或分季预缴。每月终了，企业应将成本费用和税金类科目的月末余额转入“本年利润”科目的借方，将收入类科目的余额转入“本年利润”科目的贷方。
然后再计算“本年利润”科目的本期借贷方发生额之差。贷方余额则为企业实现的利润总额即税前会计利润，借方余额则为企业发生的亏损总额。
而出口加工区认为,所得税会计的首要目的应是确认并计量由于会计和税法差异给企业未来经济利益流入或流出带来的影响,将所得税核算影响企业的资产和负债放在首位。而收益表债务法从收入费用观出发,认为首先应考虑交易或事项相关的收入和费用的直接确认,
从收入和费用的直接配比来计量企业的收益。
参考资料来源：网络-出口加工区
网络-保税区