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蘋果果肉變黃的一個罕見原因是氧化反應。當蘋果果肉裸露在氛圍中時，其中的酶類物質會與氧氣結合，從而惹起氧化反應。這種反應會招致蘋果果肉中的酚類物質氧化，產生棕色的化合物。因此，蘋果果肉會逐步變黃。
蘋果果肉變黃還可能與果肉中的酚類物質的含量有關。蘋果中的酚類物質重如果多酚類化合物，如類黃酮跟異黃酮等。這些物質在果肉中含量較高時，輕易產生氧化反應，從而招致果肉變黃。因此，差別品種的蘋果在果肉的酚類物質含量上可能存在差別，招致變黃的速度跟程度也差別。
其余，果肉的pH值也可能影響蘋果的變黃程度。研究標明，果肉的pH值越低，蘋果變黃的速度就越快。這是因為低pH值下，果肉中的酶類物質更輕易發揮催化感化，促進氧化反應的產生。
蘋果果肉變黃還可能與果肉中的酶活性有關。蘋果中存在一種名為多酚氧化酶的酶類物質，它可能催化酚類物質的氧化反應。若果肉中的多酚氧化酶活性較高，那麼蘋果果肉在氛圍中的變黃速度就會更快。