2007年12月29日,上海地鐵9號線一期工程(松江新城站至桂林路站)開通運營,因為線路脫網運營,桂林路站至宜山路站區間採用空中公交收費接駁。
2008年12月28日,上海地鐵9號線一期遺留段(桂林路站至宜山路站)開通運營,桂林路站至宜山路站區間短駁公交同時撤消,上海地鐵9號線接入上海地鐵網。
2009年12月31日,上海地鐵9號線二期工程(宜山路站至世紀小道站)開通運營。
2010年4月7日,上海地鐵9號線徐家匯站與上海地鐵1號線實現站內換乘,二期工程遺留站楊高中路站投入利用。
2012年12月28日,上海地鐵9號線三期南延長段工程(松江新城站至松江南站)開通運營。
2014年9月26日,上海地鐵9號線三期東延長段(楊高中路站至曹路站)開工建立。
2016年12月16日,上海地鐵第4000輛列車暨上海地鐵9號線三期首列0954號車到達上海。
2017年12月30日,上海地鐵9號線三期東延長段(楊高中路站至曹路站)開通運營。
2020年1月25日至1月29日,上海地鐵9號線松江南站站至松江新城站下行(往松江新城偏向)單向地道常設停運整修施工,下行地道採用單線雙向方法運營。