支原体这种病毒之所以危害性比较大，其中一个原因就是感染的部位比较多，人体最容易被感染的包括泌尿生殖系统以及呼吸系统等，不同的系统被感染后出现的症状也会不一样。
一、泌尿生殖道感染
泌尿生殖道感染：潜伏期为1～3周，典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染相似，表现为尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频，排尿刺痛，特别是当尿液较为浓缩的时候明显，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量黏液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆，亚急性期常合并前列腺感染，患者常出现会阴部胀痛，腰酸，双股内侧不适感或在做提肛动作时有自会阴向股内侧发散的刺痛感，
女性患者多见以子宫颈为中心扩散的生殖系炎症，多数无明显自觉症状，少数重症病人有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频，尿急是引起病人注意的主要症状，感染局限在子宫颈，表现为白带增多，混浊，子宫颈水肿，充血或表面糜烂，感染扩及尿道表现为尿道口潮红，充血，挤压尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。
即使怀孕也很容易导致胚胎夭折、胎儿死亡、自然流产、低体重儿等。女性感染人型支原体，还可以引起肾盂肾炎、盆腔炎流产后发热，产后发热、非淋球菌尿道炎等疾病。
二、呼吸道感染
起病缓慢，潜伏期2～3周，病初有全身不适，乏力、头痛。2～3天后出现发热体温常达39℃左右，可持续1～3周，可伴有咽痛和肌肉酸痛。
咳嗽为本病突出的症状，一般于病后2～3天开始，初为干咳，后转为顽固性剧咳、常有黏稠痰液偶带血丝，少数病例可类似百日咳样阵咳。可持续1～4周。肺部体征多不明显，甚至全无。少数可听到干、湿啰音乐。但多块消失，故体征与剧咳及发热等临床表现不一致，为本病特点之一。婴幼儿起病急，病程长，病情较重，表现为呼吸困难、喘憋、喘鸣音较为突出，肺部啰音比年长儿多。部分患儿童可患有溶血性贫血，脑膜炎、心肌炎、格林-把利综合征等肺外表现。
三、检查
1.血常规
周围血白细胞总数正常或稍增多，以中性粒细胞为主。
2.X线检查
支原体肺炎胸片无特异性，多为单侧下叶浸润，表现为节段性肺炎，严重者呈广泛双侧肺炎。
3.病原学检查
痰、鼻和喉拭子培养查肺炎支原体。
4.血清学检查
血清病原抗体效价>1：32、链球菌MG凝集试验，效价≥1：40为阳性，连续两次4倍以上增高有诊断价值。
起病后2周，约2/3病人冷凝集试验阳性，滴定效价大于1：32，特别是当滴度逐步升高时，有诊断价值。约半数病人对链球菌MG凝集试验阳性。诊断的进一步证实有赖于血清中支原体IgM抗体的测定（酶联免疫吸附试验最敏感，免疫荧光法特异性强，间接血凝法较实用）。抗原检测可用PCR法，但试剂药盒还有待改进，以提高敏感性和特异性。
5.PCR技术
普通PCR技术检测肺炎衣原体特异性DNA，具有快速、简便、特异的优点，敏感性高于细胞分离技术，用套式PCR（nPCR）检测可显著提高其敏感性。