清朝时期，河南行政区划沿用明制，除裁撒卫所，其余不变。许多政策与明朝相似，其发展状况如下：
清朝初年，面对大量土地荒芜，社会经济残破的严峻现实，清政府在河南大力推行鼓励垦荒的政策，成效显著。明代引入河南的新的农作物如番薯、玉米、棉花等，种植面积不断扩大，河南成了全国著名的棉花产地。
工商业也日趋繁荣，与明代相比，很多行业出现的资本主义萌芽有了进一步的发展。这一时期，河南工商业的繁荣尤其以朱仙镇，赊店镇和相国寺庙会为典型。朱仙镇由于其是贾鲁河上游重要的航运码头而获得发展机遇，在康熙年间发展到鼎盛，成为和湖北汉口镇、江西景德镇和广州佛山镇齐名的全国四大名镇之一。
赊店镇由于商业繁荣，赢得了“天下店，数赊店”的美誉、而开封相国寺在北宋已经成为商品交易的重要场所，到了明清，更进一步形成庙会制度。
清代乾隆年间的学者钱泳在《履园从话》中说：相国寺百物充盈、游人毕集，为汴梁城胜地：由寺里出资，在东西走廊一带，建了一些商铺，租与商贩经营。
按日或按月收取租金：商铺出售的商品种类繁多。其中包括书籍、纸张、字画、古董等文化用品，布料、药品、玩具、首饰、针线、各类杂货等日用品，应有尽有；寺前夜市繁荣。
汇聚了各种风味小吃。同时，相国寺前也是重要的娱乐场所，说书相声、双簧、坠子、摔跤、武术、算卦、测字相面、杂耍等无所不有。繁荣的相国寺庙会构成开封经济繁荣的一个缩影。
清代还是我国君主专制发展到顶峰的时期，尤其是康、雍、乾三朝。一再大兴文字狱，它在河南的表现就是“彭家屏文字狱”的出现。震动了河南全省，对思想、文化界产生了重要影响。
清统治者为巩固统治还大力扶植宗教，康熙帝和乾隆帝都曾游览登封少林寺，“少林寺”匾额即为康熙帝手书，上面盖有“康熙御笔之宝”的方印。
从顺治到光绪年间，清政府又曾九次修建开封相国寺。清政府对道教也采取扶植政策，雍正元年(1723年),雍正帝为祭祀河神，封赏历代治河功臣。拨银280多万两，在焦作仿宫殿建筑建成嘉应观，全观占地140亩，合宫、庙、衙署为一体。
观内置一铁胎铜面御碑，碑高4.3米，宽0.95米，厚0.24米，有24条龙缠绕御碑，既象征一年的24个节气，又代表清朝版图的24个省，碑项则为三龙盘绕。碑后为严殿，两侧为龙王殿，供10位河神，实为历代功臣，如大禹、贾鲁。潘季驯等。
清朝也是黄河河患比较严重的一个时期，清朝历代帝王还都比较重视对黄河的治理，尤其康、雍、乾三朝都曾大力治理黄河河道，在一定程度上减轻了豫东人民的水患之苦，促进了河南经济的发展，从而为“康乾盛世”局面的出现打下了基础。
清朝中后期，统治趋于腐败，终于在嘉庆帝时激起了波及川、楚、豫、陕、甘五省，历时九年的白莲教大起义，随后又爆发了李文成林青领导的天理教起义。起义军曾攻占河南滑县城，有力打击了清王朝在河南的统治。
需要指出元明清时期河南在全国的政治、经济和文化地位与北宋以前相比虽有所下降，但在科技文化方面仍取得了显著成就。这一时期河南涌现出王夫之、顾炎武、黄宗羲、唐甄魏源等在全国深有影响的教育家、哲学家;洪升、孔尚任等杂剧家;蒲松龄、吴敬梓、曹雪芹等杰出的小说家;袁枚、等散文家等。
其中洪升的《长生殿》曹雪芹的《红楼梦》全国闻名。科技方面，清代开封相国寺铸的大铜钟和河南潢川县铸的铁旗杆为代表，反映了这一时期高超的治铸水平。这一时期的农业生产技术也获得了很大发展，高产农作物和经济作物的种植面积不断扩大。
另外，这一时期，也是少林武术繁荣发展和陈氏太极拳产生与发展的重要时期，作为一种文化载体，对于传播中原文化起到了重要作用。
河南在清朝时期的发展情况大致就是这样，在这一时期，政治经济地位方面虽有所下降，但科技文化方面取得了不菲的成就，也奠定了河南成为农业大省基础。