太仓港，古称刘家港，始兴于隋唐时期。元朝，政府实施漕粮北运，在刘家港沿线建大型码头泊位，建立海运仓储和海事机构，自此长江中下游地区、浙江温台等沿海地区、以及日本、琉球、高丽、安南等国的商船都集结于刘家港，刘家港成为“六国码头”、“天下第一码头”。明朝，刘家港作为郑和七下西洋起锚地，发展达到鼎盛，成为当时世界上重要的枢纽港。明以后，由于种种原因，港口逐渐沉寂。
改革开放以来，苏南经济特别是外向型经济的快速发展，对港口的开发建设提出了迫切的要求，也为港口开发建设提供了有利的货源保障。
1996年11月，太仓港被批准为国家一类口岸正式对外国籍船舶开放。
1999年9月，国家海关总署批准太仓港为集装箱中转港。
2001年，国家交通部、国家发展计划委员会把太仓港定位为上海国际航运中心集装箱运输的干线港。
2005年11月，江苏省委省政府决定成立副厅级建制的中共江苏太仓港口工作委员会和江苏太仓港口管理委员会，全面承担太仓港口建设和发展等管理职能。
2006年9月，交通运输部出台《全国沿海港口布局规划》，将苏州港（太仓港区、常熟港区、张家港港区）列为全国9大集装箱干线港之一。
2010年5月，国务院批复《长江三角洲地区区域规划》，太仓港被定位为重点建设的集装箱干线港和江海联运中转枢纽港。
2012年12月，财政部、国家发改委、交通运输部共同批复同意，自2013年1月1日起太仓港作为沿海港口管理，并执行海港行政事业性收费政策。
2013年9月，交通运输部出台公告，自2013年11月1日起取消五星旗海轮进出长江太仓港及以下水域强制引航。自此，太仓港全面实现海港化。
2013年10月，交通运输部、江苏省人民政府联合批复《苏州港总体规划（2013－2030年）》，明确苏州港是我国沿海主要港口和综合运输体系的重要枢纽。