六号线一期起点为广州西面的金沙洲地区的浔峰岗，高架跨过北环高速公路后沿金沙洲路中央往东南方向前进，于沙凤村东侧以白沙河大桥横跨珠江支流，连接到大坦沙岛之沙头顶。之后线路转向正南，由高架转入地下隧道，往南至双桥路侧与五号线换乘。线路下穿广三铁路后，斜穿珠江支流，于旧广州南站范围内多宝路处设如意坊站。线路沿黄沙大道往南抵达大同路处的黄沙站，与一号线换乘。之后线路沿六二三路，穿过文化公园，人民南路，沿一德路抵达海珠广场与二号线换乘。绕过广州解放纪念碑后，依次经过泰康路、万福路、越秀南路后，穿过东华南路及大沙头路附近的一大片建筑物，抵达东山湖公园。隧道下穿东山湖，折往东北方向，沿东山大街、龟岗大马路、署前路，与一号线再次换乘。随后线路辗转沿农林下路往北，于区庄站与五号线再次换乘。之后线路以小半径曲线转入先烈中路、先烈东路，再转入广州大道北、兴华路，与三号线主线在燕塘站换乘。线路沿燕岭路往东北行进，于天河客运站与三号线支线换乘，最后沿天源路抵达终点长湴。 广州地铁六号线一期、二期将于2012年底开通试运营。 一期工程（浔峰岗——长湴）全长24.3公里，设车站22个。各站为：浔峰岗、横沙、沙贝、河沙、坦尾、如意坊、黄沙、文化公园、一德路、海珠广场、北京路、越秀南、东湖、东山口、区庄、黄花岗、沙河顶（水荫路）、沙河、天平架、燕塘、天河客运站、长湴（元岗）。其中浔峰岗、横沙、沙贝为高架车站。值得一提的是，五号线坦尾站为高架车站，六号线坦尾站为地下车站，因此该站将采用高架-地下的换乘设计。 二期广州地铁六号线二期，已于2009年10月30日开工，预计与一期同时竣工。 二期工程（长湴——萝岗街）全长17.6公里，设车站10个。各站为：华南植物园、龙洞、柯木塱、高塘石、黄陂、香山路、科学城东、暹岗、萝岗、香雪。二期全部为地下线。 根据新的规划，线路通过高塘石后，沿广汕路往东行进，跨大观路立交桥，过联和村，在黄陂村设黄陂站，沿广汕路东行，在开创大道路口折向东南，沿开创大道行进，在香山路口设站。后继续沿开创大道行进，在科学大道路口、科学城东侧设科学城东站。经颐年园、暹岗村，在丰乐路口设暹岗站，与四号线换乘。线路沿开创大道东行，在萝岗中心区南侧设萝岗站。之后下穿北二环高速公路，止于荔红路口，设终点站香雪站。线路长约10.6公里，全部为地下线，设6座地下车站。 国家发改委已于2009年2月批准提前实施地铁6号线二期工程（长湴至萝岗街）建设。地铁6号线二期工程（东延线）是萝岗区科学城通往市中心区的快速通道。建成后，将迅速提升萝岗区城市综合交通环境水平，对萝岗区加快发展，加快建设成为现代产业体系先导区、适宜居住城市示范区、统筹城乡发展试验区有着重要的作用。