1、开机后，如果游戏卡中已有游戏记录，那么开始时则会出现“冒险”“复制冒险书”“制作冒险书”“删除冒险书”“改变速度”五个选项(如果已有三个记录则无第二、三项)，“冒险”可以继续以前的记录进行游戏，“制作冒险书”为开始新游戏，“删除冒险书”可以删除一个游戏记录，“复制冒险书”可以复制游戏记录，“改变速度”可以更改游戏时文字显示的速度。如果是第一次进行游戏，那么就只有“制作冒险书”一个选项。选择“制作冒险书”后依次出现为主角取名字、选择性别和选择文字显示速度的画面。这些都设置好后，游戏就正式开始了。
2、《勇者斗恶龙3》的故事开始于勇者16岁生日的那一天。早上，妈妈叫醒沉睡中的勇者，并告诉勇者今天是去见国王的日子。
3、接着，勇者的妈妈带领勇者前往王宫觐见国王。妈妈会一直带着勇者走到中图所示的位置，从那里一直向前走就会到达亚利安的王城。走进王城后勇者来到了国王的面前。国王对勇者的到来表示欢迎。从国王的话中，勇者得知自己的父亲的名字是欧特加，是亚利安城的勇者。
4、国王告诉勇者，世界即将被黑暗吞噬，而这一切都与魔王有关，但世人连魔王的名字都不知道，而勇者的父亲欧特加与魔王搏斗时掉入火山里烧死了。国王建议勇者到镇上的酒店里去找些同伴并整顿一下装备再开始旅程。最后，国王送给勇者50金以及一些武器防具。
5、走出王城，在亚利安镇的左上角的屋子里有一个寄放所，可以提供寄存金钱和道具的服务。寄存金钱必须为1000的倍数，而寄存道具则会收取适量的手续费。有些只需使用一次就不需要再用且不会消失的道具用过后可以存到这里。
6、寄放所的上方就是露伊妲酒店，可以增加队伍里的同伴或将暂时不用的同伴寄存。楼上有冒险者登录所，可以登录新的同伴，登录完成后即可从露伊妲酒店里把他们带去作战。同伴的职业有战士、僧侣、魔法师、武术家、商人、游人六种。战士善于用武器战斗，HP值非常高，速度较慢，不能使用魔法。僧侣可以装备较轻的武器防具，能够使用回复类、辅助类等咒语。魔法师能够装备的武器防具很少，HP也很低，但是速度很快，且可以使用强力攻击类的魔法。武术家以徒手搏斗为主，攻击力极高，力量成长极快，不能使用魔法，也不能装备很多种类的防具。商人在以后的剧情中会用到，但不推荐刚开始的时候使用。游人的幸运度很高，但是没有什么其他特殊能力，所以也不推荐使用。
7、《勇者斗恶龙3》中存在昼夜交替系统。随着勇者的行进，白天和黑夜会不断变换。这一设定在以后的《勇者斗恶龙4》中也得到了保留。在白天的时候回家与妈妈对话可以休息，晚上的时候妈妈则会在家门口等着回家的勇者。如果在战斗中中了毒，那么在城市外每走几步就会减少一点HP。如果中了某些特殊装备上的诅咒，则在战斗中会出现很多不利于我方的效果。去教堂里可以治疗毒和驱除诅咒，也可以使在战斗中倒下的同伴复活，但这些都是要收费的。
8、游戏进行一段时间后，可以去和国王对话保存当前的游戏进度，之后便可关闭电源等待下一次游戏时继续冒险。但是使用游戏机玩的朋友们务必注意，在关机前请切记先按Reset键，否则所有的游戏记录可能全部消失。我的一位朋友就曾经试过不按Reset键直接关机，结果三个游戏记录全部丢失。
9、在亚利安附近提升一些等级并买一些好的装备后，向西过桥再向北走即可到达雷贝村(图中说“向南”有误)。在雷贝村东南的树林里有一条秘密通道，可以走那条秘密通道去亚利安西面小岛上的那吉米塔。
10、如果从雷贝村一直向南走，会来到一个海角。海角上有一个洞，通过那个洞也可以去那吉米塔。与那吉米塔最顶层的老人对话，可以得到贼钥匙。使用贼钥匙可以打开木门。接下来回到雷贝村，用贼钥匙打开村子右上角的小屋的木门，与小屋里的老人对话可以得到魔法球。
11、从雷贝村一直向东走，到了一个小湖边。那里有一个被称为“邀诱洞窟”的地洞。走进地洞，勇者发现前进的道路被石板封住了，无法继续前进。这时，站在石板前使用魔法球，魔法球发生剧烈的爆炸，把石板炸开，于是勇者可以继续前进了。
12、走到邀诱洞窟的最深处，会看到一个传送门，走进传送门勇者一行即会被传送到远方。从传送门的另一端出来，就来到了罗马利亚城。从罗马利亚城再向北走，就是卡萨布村。
13、从卡萨布村再向西北走，就是诺亚尼村。勇者与诺亚尼村的人们对话，发现整个村子的人们全部都睡着了，无法叫他们醒来。从诺亚尼村向西走有一个洞，勇者一行决定去洞里探险。
14、洞里的怪物很厉害，要处处小心。站在左图所示位置可以回复全部全部的HP和MP。在洞穴的最深处一个被石柱围绕的宝箱里，勇者发现了梦宝石以及精灵公主的遗书。然后带着梦宝石去精灵之村找精灵女王吧。
15、把梦宝石交给精灵女王，勇者会得到觉醒粉。回到诺亚尼村，在村里使用觉醒粉，全村的人们就都醒过来了。接下来加罗马利亚城，与国王对话。国王告诉勇者，有个叫加坦达的人抢走了国王的金冠。国王请求勇者帮忙夺回金冠。
16、从卡萨布村向西南走会看到一座塔，那就是加坦达藏身的夏巴尼塔。在夏巴尼塔里，勇者找到了加坦达。打败加坦达及其手下之后，加坦达请求勇者原谅，选择“是”放走加坦达(如果选“否”他会一直向你求饶直到选择“是”为止)。放走加坦达后，勇者在其掉落的宝箱里找到了国王的金冠(金冠可以作为头防具装备，但防御力很低)。
17、把金冠还给罗马利亚的国王，国王让勇者代为管理罗马利亚城。选择“是”勇者就会成为罗马利亚的国王(选“否”的话国王会一直唠叨到你选“是”为止)。勇者成为罗马利亚的国王后不能出城，此时去城里的赌场里找到原来的国王，和他对话时先选“否”再选“是”，原来的国王就会放勇者走了。出了罗马利亚城，向东过桥后一直走可以看到一个小镇，那就是阿萨拉姆镇。注意在该镇的商店买东西的时候老板会狮子大开口，千万不要上他们的当。
18、从阿萨拉姆向西南走，进入一片广阔的沙漠。在沙漠西南角的绿洲里可以找到伊西斯城。
19、进入伊西斯的内城，从左图所示位置向上走进秘密通道。在秘密通道里可以找到星光手镯。找到星光手镯后会出现一个亡灵，和他对话时两次都要选择“是”。装备了星光手镯的同伴的速度会变成原来的2倍。从伊斯斯城所以的绿洲一直向北走即可到达金字塔。
20、
在金字塔三层右下角处可以找到一个按钮，选“是”按下按钮。然后来到左下角处又发现一个按钮，将实验室按下后中间的石门会打开(如果按钮按的顺序不对，则勇者一行人会掉落到楼下)。走进原先被石门封锁的房间，在宝箱里可以找到法钥匙。找到法钥匙后，贼钥匙就没用了，把它送到寄放所吧。