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《麻雀》是一部以1949年中国共和国成立为背景的谍战剧，毕忠良是该剧中的主要角色之一，他具有有力的武力和情报收集能力。在剧情发展中，毕忠良曾为了自己的特殊任务和个人利益，与陈深和其他人之间的关系不断变换。但在剧集的最后关键时刻，毕忠良护陈深的原因有以下几点：
1. 信仰和情感：毕忠良与陈深是从小一起长大的，他们之间有很深的情感纽带和兄弟情谊。毕忠良对陈深有着强烈的信仰和承诺，因此，在关键时刻他选择保护陈深。
2. 人性和良知：在剧情中，毕忠良逐渐认识到陈深的真正用意以及他的良知和正义感。即使知道有人在追杀陈深，毕忠良也决定要保护陈深，认为这是维护正义和良心所必须的，同时也是对自己、对国家和民族负有的责任。
3. 反对内奸：剧情中出现了多个内奸，其中包括毕忠良的同事和上级领导。毕忠良是个有良知、有正义感、拥护民主、反对内奸、反对国民党统治的人，他即使有时会和上级领导同流合污，但在关键时刻，他仍然会选择站在正义一边，保护那些受到迫害的人。这也是他选择护陈深的一个重要原因。
综上所述，毕忠良护陈深的原因是出于灵魂深处的信仰和情感，同时也是基于人性与良知的选择，和最终维护正义、反对内奸的责任心。