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根腐病是冬瓜罕見病害之一，會招致產量降落，而要防備根腐病，應履行水旱輪作，並測土配方施肥，及時防治益蟲，發病後選用甲基硫菌靈或多菌靈、笨菌靈等藥劑停止噴洒防治。
冬瓜根腐病防治方法：抉擇精良抗病品種，種子處理，養分塊或養分缽育苗，大年夜田施足底肥，合時移栽，公道密植，壓蔓整枝，合時採收。
根腐病一般在冬瓜定植後始見發病，發病初期好天半夜呈現臨時性萎蔫，初期還能恢復；後終因不克不及恢復而枯逝世，拔出根莖部可見水浸狀褐色病變，剖開病根脛腐爛部已變色，嚴重的僅留下絲狀輸導構造，莖蔓內維管束一般穩定褐，別於枯萎病。