一、功能不同
1、铁路运单
铁路运单一律以目的地收货人作记名抬头，一式两份。正本随货物同行，到目的地交收货人作为提货通知；副本交托运人作为收到托运货物的收据。在货物尚未到达目的地之前，托运人可凭运单副本指示承运人停运，或将货物运给另一个收货人。
2、提单
提单上印就的条款规定了承运人与托运人之间的权利、义务，而且提单也是法律承认的处理有关货物运输的依据，因而常被人们认为提单本身就是运输合同。
二、类型不同
1、铁路运单
铁路运单可分为国际铁路联运和国内铁路运输两种方式，前者使用国际铁路联运运单，后者使用国内铁路运单。通过铁路对港、澳出口货物时，由于国内铁路运单不能作为对外结汇的凭证，故使用“承运货物收据”这种特定性质和格式的单据。
2、提单
分为直达提单、转船提单。
1）直达提单（Direct B/L）
直达提单，又称直运提单，是指货物从装货港装船后，中途不经转船，直接运至目的港卸船交与收货人的提单。
2）转船提单（Transshipment B/L）
转船提单是指货物从起运港装载的船舶不直接驶往目的港，需要在中途港口换装其他船舶转运至目的港卸货，承运人签发这种提单称为转船提单。
三、分类不同
1、铁路运单
长期以来，铁路运输使用的凭证是铁路货票，而各国对货物凭证的格式和适用法律没有统一，该问题在国际铁路组织（简称铁组）国际铁路联盟（简称铁盟）成立后。
经过各自内部成员国的协调，出台了国际铁路联运货物执行细则，在组织内统一了跨境铁路货物运输使用的货票格式，这种在组织成员国内部统一使用的铁路货票被称为铁路运单。
2、提单
按货物是否已装船分
1）已装船提单（Shipped B/L，or On Board B/L）
已装船提单是指货物装船后由承运人或其授权代理人根据大副收据签发给托运人的提单。
2）收货待运提单（Received for Shipment B/L）
收货待运提单又称备运提单、待装提单，或简称待运提单。