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淋巴细胞亚群的测定，主要用于了解恶性肿瘤、遗传性免疫缺陷、重症病毒感染、自身免疫病等患者机体的免疫功能是否处于平衡状态。某些细胞亚群所占百分比过高或过低都提示存在免疫功能紊乱，但一般情况下对疾病的诊断和鉴别没有特异性。CT3、CT4细胞百分比和绝对数，是获得性免疫缺陷病患者显著下降，常以作为该病的诊断，病情观察和判断愈后的一个重要指标。用于白血病细胞免疫表型分析，在某些白血病如T性的急性淋巴细胞白血病。CT2、CT3、CT4、CT5、CT8可以有一个特异性的表达。而慢性淋巴细胞白血病主要是CT5、CT19、CT20是一个阳性的。还有一个是NK细胞，NK细胞活性的下降，也可以见于大多数的肿瘤。