事业单位合同制和人事代理的区别如下：
1、对象不同 事业单位合同制主要是辞退和解除聘用合同的人员；各类事务所和其他社会中介组织聘用的人员；各类非国有单位聘用的人员； 而人事代理的的对象是自费大中专毕业和毕业研究生；自谋职业的军队转业干部；自费出国留学人员和留学回国人员；其他各类流动人员。
2、流程不同 人事代理机构代为签订员工《劳动合同》的，客户企业还需向人事代理机构提供客户企业一方相关的劳动人事规章制度和员工手册，以及员工的相关工作岗位、薪酬、福利、奖金及其一系列必要的雇用信息。 而委托事业单位合同制机构进行员工《劳动合同》解除、终止或续签等合同管理的，事业单位合同制机构将负责提供与此相关的法律咨询，并代为进行相关程序办理。事业单位合同制机构负责管理客户企业雇用员工的信息，建立雇佣员工个人信息档案并作即时的更新。
3、功能不同 事业单位合同制有利于促进企业人事管理事务的社会化。一些不属于企业人事管理的社会事务，如档案管理、户籍管理、计划生育管理、离退休管理等，随着市场经济发展和各个方面的体制改革，这些事务必须社会化，以减少企业负担。 而人事代理有利于促进人事管理事务的专业化。企业的所有的活动都要求以最低的成本取得最高的收益，人事代理通过专业化的、优质的人事事务服务，满足了在竞争中降低成本、提高效益的要求，有些人事事务如果由企业自己承担，远不及由专门人事代理机构承担成本低、效果好。 人事代理有利于企业人事管理的规范化。发展人事代理，将有利于企业形成科学的、较为规范的现代企业人事管理制度。 来源：-事业单位合同制 -人事代理
合同制与代理制的区别如下：
( 1)签订合同的方式：合同是由当事人双方直接签订的，而代理制是由乙方委托第三人，由第三人也即代理人与另一方当事人之间签订的合同。
( 2)责任的承担：合同制根据合同的相对性原则，由签订合同的当事人双方承担责任；代理合同，代理人可要求委托人承担责任。
( 3)待遇不同：签订人事代理合同的员工的待遇不如合同工好，不论是工资还是福利，签订人事代理合同的员工的待遇是最差的。
( 4)稳定性不同：签订人事代理合同的员工一般都是临时工，按照合同的情况决定聘用还是不聘用。
合同工相对于人事代理合同的员工相对稳定一些。