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小麥根腐病菌以分生孢子沾附在種子名義與菌絲體潛伏種子外部越夏、越冬；分生孢子跟菌絲體也能在田間病殘體上越夏或越冬。因此泥土帶菌跟種子菌是苗期發病的初侵染源。當種子萌發後，病菌先侵染芽鞘，後蔓延至幼苗，病部長出的分生孢子，可經風雨傳播，停止再侵染，使病情減輕。不耐寒或返青後遭受凍害的麥株輕易產生根腐，高溫多濕有利於地上部分發病，24—28℃C時，葉斑的產生跟壞逝世率敏捷上升，在25—30℃時，有利於產生穗枯。重茬地塊發病逐年減輕。
小麥根腐病是真菌惹起的病害。病菌以菌絲體、分生孢子埋伏或附著病殘體跟種子越夏、越冬，成為初次侵染重要來源。